南京户部尚书，明朝官名。

永乐十八年（1420年），明成祖定都北京，将吏部官属移往北京，那些留在南京的官员和机构，则在名称前加上了“南京”二字以示区别。洪熙元年（1425年），明仁宗又在南京重新设置了各部门的官员和属下，去掉了名称前的“南京”二字，而将在北京的相应机构名称前加上了“行在”二字，并再次设立了行部。宣德三年（1428年），行部又被废除了。正统六年（1441年），北京的机构名称中去掉了“行在”二字，而南京的机构则继续保留“南京”二字，这一制度遂成为定制。南京户部设尚书一人（特殊情况下设二人），左、右侍郎各一人，司务一人，照磨一人。下设十三清吏司，计郎中十三人，员外郎九人，即浙江、江西、湖广、广东、广西、福建、江西、陕西、云南各一人，嘉靖三十七年（1558年）革山西、陕西二清吏司员外郎各一人，隆庆（1567年—1572年）中又革广西、云南二清吏司员外郎各一人。另设主事十七人，江西、广东、广西、云南各二人，余各一人，隆庆三年（1569年）革广东清吏司主事一人。所辖有宝钞提举司，提举一人；广积库，承运库，赃罚库，甲、乙、丙、丁、戊五字库，宝钞广惠库，军储仓，各大使一人。长安门、东安门、西安门、北安门四仓，各副使一人。龙江盐仓检校批验所，大使一人。隆庆三年（1569年）革宝钞提举司、军储仓大使。其品秩均与北京同。又设总督粮储一人，以右侍郎加都御史衔充任。因南京为明朝财赋重地，其职掌与北京户部相应，较为重要。南京户部尚书遵从明初惯例，不得由江西、浙江人担任，至明亡没有特例。