南京长途汽车东站位于中国江苏省南京市玄武区，隶属于南京公路客运站务有限公司，是国家一级公路汽车客运站，车站北接312国道，西与南京站相距2.5千米。

1989年，南京长途汽车东站投入运营。

2003年1月，南京市长途汽车东站将高科技的录像取证手段用于打击车站内的“黄牛”。

2015年4月28日，位于南京长途汽车东站的南京旅游集散中心正式投入运营。

2017年春运起，南京长途汽车东站支持微信购票并开设了微信购票专窗。

2020年，南京长途汽车东站停止运营，所有车辆调整至南京汽车客运站（小红山客运站）。

2020年，南京长途汽车东站恢复运营，复班首日，有15条班线、102个班次在长途东站配载。其中包括发往无锡、常州、镇江、泰州、泰兴、苏州、张家港、扬州西站、江都、高邮、宝应等班线。

截至2018年10月，南京长途汽车东站占地总面积50000平方米。

截至2018年10月，南京长途汽车东站设有售票窗口13个，检票口22个，发车位26个，停车位100个。经营线路近百条，主要担负江苏省苏南、扬州、泰州地区和浙江、福建、广东、河北、江西、湖南、皖南等7省地区的长途客运任务。辐射江苏、浙江、福建、江西、河南、河北、安徽、广东等省近百余个市县。在营班车有现代、大宇、沃尔沃、凯思鲍尔、金龙、宇通等各类高中档车型。日发班次400余班，日均发送旅客5000人/次，高峰时旅客出口量可达3万人。

2016年1月24日、25日，南京长途汽车东站客流量分别是6000人次与5800人次。

途径南京长途汽车东站的公交线路有南京公交2路、南京公交10路、南京公交28路、南京公交69路、南京公交70路、南京公交71路、南京公交115路、南京公交131路、南京公交165路、南京公交311路。

另外途径玄武大道长途汽车站的公交线路有南京公交50路;南京公交71路;南京公交97路;南京公交125路;南京公交130路;南京公交140路;南京公交141路;南京公交162路;南京公交206路;南京公交309路;南京公交D1路;南京公交Y34路夜间;南京公交d21路；

南京地铁6号线花园路站（在建）