实验中心的前身为1953年成立的哈尔滨军事工程学院火炸药专业基础化学实验室。优良的“哈军工”精神，培养出该校王泽山院士为代表的一大批杰出化工和军事专家。肖学忠教授、崔有信教授等老一辈教育家在实验教学和实验室建设中倾入了大量的心血，做出了突出的贡献。为了更好地规划实验室建设和实验教学，1998年该校化工学院对原分属于各教研室的四大化学实验室和化学工程实验室等进行调整，成立了由校院两级管理的“南京理工大学化学化工实验教学中心”。中心依托获得国家发明一等奖1项和国家科技进步一等奖3项的“应用化学”和“材料学”二个国家重点学科。1999年，中心被授予“江苏省高等学校省级实验教学中心”，同年被评为“江苏省高校实验管理先进集体”；2005年被授予“江苏省高等学校基础课试验教学示范中心”。

实验中心秉承“哈军工”的优良传统，在实验教学中心不断改革，形成了“加强基础，注重实践、培养能力、激励创新”的教学理念；构建了“基础实验、综合实验、研究型实验”教学体系，在基础化学实验中培养学生的基础研究能力，在基础化工实验中培养学生的工程实践能力；实施了以学生为本、教师为主导，以学生能力培养为核心的实验教学方法；建立了实验网络预约管理平台、网络试验预习、网络实验课程、网络虚拟实验室、实验成绩网络查询与评定等完整的网络实验教学系统，探索出实验室开放的新路子。依托学科优势，创新学科优势，创新出具有国防特色的化学化工基础实验。以化工基础实验为重要支撑的《化工原理》课程，2006年被评为国家精品课程；“《化工原理》课程计算机辅助教学（CAI）实践”、“面向21世纪的火药装药系列教材建设（教材）”和“构建多层次、多模式国防科技人才培养体系，为军工企业和部队输送急需高素质人才”三项成果分别获得国家教学成果二等奖。

学校投资7200万元新建了综合化工实验楼，中心实验室面积9460平方米；人员有38人，其中教授13名，博士化率57%；承担学校10个专业3140余名学生的实验教学任务，年实验人数约30万；开除实验课7门，53%为综合及研究型实验。中心近年来投入的实验教学经费为1480万元，主要用于实验仪器设备的更新和研究型实验等。基础实验为1人一套实验装置。中心承担了19项教改项目，其中省部级以上的项目7项，获得了国家级教学成果二等奖等省部级以上的教学奖10项，其中《化工原理》2006年被评为国家精品课程，发表教研论文35篇，编写出版教材共11部；获得了国家科技进步二等奖等省部级以上科技奖项8项；承担了科研项目157项，科研经费2380万元；发表科研论文363篇，其中SCI收录91篇和EI收录45篇；出版专著8部；申请国家专利26项，以获授权15项。2002年以来本科生早期介入科研训练，共发表科研论文100余篇，专利7项。学生在第二课堂成绩喜人，涌现出一批优秀学生。