南京脑科医院始建于1947年，又名南京医科大学附属脑科医院，江苏省精神卫生中心，是一所集医疗、康复、预防、教学、科研、司法鉴定等为一体的三级甲等专科医院。

2023年6月16日，由南京脑科医院等牵头组建的淮河生态经济带精神卫生专科联盟在淮安正式成立。

2023年9月，成为中国儿童精神卫生精英教学医院联盟成员。

医院设有神经内、外科、精神科、儿童心理卫生中心、老年精神科、医学心理科、康复科、中医科、心血管内科等23个临床科室和10个医技科室。

医院现为国家级博士后科研工作站，南京医科大学和南京大学医学院硕士、博士研究生培养点，南京师范大学应用心理学培养点，国家卫生计生委专科医师进修基地，国家住院医师规范化培训基地，国家药物临床试验机构，世界卫生组织儿童心理卫生科研和培训中心；中国儿童心理卫生指导中心，国家卒中中心。卫生部脑卒中医疗质量控制中心、江苏省精神科医疗质量控制中心、江苏省神经内科医疗质量控制中心。 精神科为首批国家级临床重点专科、江苏省重点学科，神经外科为江苏省临床重点专科、江苏省科教强卫工程医学创新团队，医学心理科、神经内科、老年病专业、儿童心理卫生为江苏省临床重点专科，其他科室为南京市医学重点专科。

开办《临床神经病学杂志》、《临床精神医学杂志》、《临床神经外科杂志》等3种学术期刊。《临床神经病学杂志》为“北大中文核心”和“中国科技论文统计源期刊”（即“双核心”）,被国际著名检索系统美国化学文摘(CA)、俄罗斯文摘杂志、波兰哥白尼索引(IC)收录。《临床精神医学杂志》为”中国科技论文统计源期刊”(中国科技核心期刊),被美国化学文摘(CA)收录。 《临床神经外科杂志》为”中国科技论文统计源期刊”(中国科技核心期刊)，被中国期刊全文数据库(光盘版)以及中国科技期刊数据库收录，被美国化学文摘（CA）、《史蒂芬斯数据库》（EBSCOhost）全文收录。

2022年1月，入选2019-2021年度江苏省文明单位候选名单。

地址：鼓楼区广州路264号(近上海路)