南京邮电大学学报现有《南京邮电大学学报（自然科学版）》和《南京邮电大学学报（社会科学版）》。

主打栏目有“通信与电子”“计算机与自动控制”，并根据研究前沿与热点，组织策划相应的选题、专题或约稿栏目。

主要刊登能及时反映代表学科前沿、学术上有特色的通信与信息系统、信号与信息处理、电磁场与微波技术、通信系统与通信网、图像通信与多媒体通信、移动通信与光通信、计算机软件与理论、计算机应用技术、信息安全与信息网络、控制理论与控制工程、模式识别与智能系统、物联网等学科或专业的学术论文、研究报告及综述等。

开设有“网社会变革与管理”（原“网络媒体进展”）“信息经济与管理”“长三角发展研究”“邮政史研究”等主要栏目。

《南京邮电大学学报（自然科学版）》入编了北京大学图书馆主编的《中文核心期刊要目总览》2011年版（第六版）、2014年版（第七版）和2017年版（第八版）之电子技术、通信技术类核心期刊。此外，《南京邮电大学学报（自然科学版）》曾获得全国高校优秀科技期刊“优秀编辑出版质量奖”、第二届江苏期刊方阵“优秀提名期刊”、首届中国高校特色科技期刊奖、第六届江苏省优秀期刊“编校质量一等奖”、全国高校优秀科技期刊“优秀编辑质量奖”、工业与信息化部“编辑质量奖”、江苏期刊“明珠奖·优秀选题策划”、江苏科技期刊“金马奖·特色期刊奖”和“选题策划奖”、“中国高校优秀科技期刊”等殊荣。

《南京邮电大学学报（社会科学版）》是江苏省一级期刊，第三、四、五届“全国高校优秀社科期刊”，中国科技论文在线优秀期刊，RCCSE中国核心学术期刊，全国理工农医院校社会科学学报联络中心优秀学报。