中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究院成立于1978年，隶属于中华全国供销合作总社，是中国国内唯一专门从事野生植物资源调查、研究与开发、资源综合利用产业化研究的国家级科研院所。

1978年12月，全国供销合作总社南京野生植物综合利用科研所正式成立。

1982年2月，商业部、粮食部、全国供销合作总社三部合并，科研所更名为商业部南京野生植物综合利用研究所，隶属商业部科学研究院领导。

1989年，改隶商业部商办工业管理司领导。

1994年1月，商业部、物资部合并，成立国内贸易部，研究所更名为国内贸易部南京野生植物综合利用研究设计所。

1995年9月，因全国供销合作总社从国内贸易部分出单列，经中央编委批复同意，研究所仍划归全国供销合作总社管理，更名为中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究所。

1997年2月，更名为中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究设计所。

2000年4月，更名为中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究院。

2015年12月，“江苏省技术转移联盟”正式成立，研究院成为首批会员单位。

2016年4月，研究院螨类研究中心正式揭牌。同月，中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究院“农林特产资源科技研发中心建设”项目科研综合楼正式破土动工。

2017年11月，研究院与湘西洲经济开发区、吉首大学共建的“湘西州武陵山特色植物产业技术研究中心”正式挂牌。

根据2018年11月研究所官网显示，中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究院有科技人员108名，其中享受国务院有突出贡献专家津贴专家3人，江苏省各类人才专家10人，研究员10人，副研及高级工程师以上职称44人。

国务院特殊津贴专家（3人）：伍真林、张卫明、赵伯涛

江苏省333高层次人才（4人）：黄晓德、姜洪芳、石宝俊

江苏省博士集聚计划（1人）：林群英

根据2018年11月研究所官网显示，中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究院设立6个专业研究室；建有2个产业化研究所。研究院为江苏省天然香料工程技术研究中心依托单位；是全国辛香料标准化技术委员会挂靠单位，负责辛香料国家标准的制修订工作，是代表中国在国际标准化组织—农产辛香料分会中行使表决权的归口单位。

国家级测试中心（1个）：中华全国供销合作总社南京野生植物制品监督检验测试中心

下属专业研究室（6个）：植物资源与化学研究室、食品工程研究室、生物化工研究室、工艺装备研究室、生物技术研究室、芳香植物研究室

下属产业化研究所（2个）：食用菌研究所、天然日化研究所

下属研发平台（3个）：天然香料工程技术中心、野生植物制品监督检验中心、土壤改良与污染修复技术中心

根据2018年11月研究所官网显示，中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究院具有科研实验室5000平方米、中试实验室3000平方米，拥有高效液相色谱、气相-质谱、原子吸收光谱、红外光谱、紫外光谱、凝胶成像系统、高速逆流色谱、分子蒸馏、中压层析分离系统、膜分离系统、高速冷冻离心、冷冻干燥等大型分析和实验仪器，超声波逆流提取、二氧化碳超临界萃取、冷冻干燥、压差气流膨化干燥、超微粉碎等中试条件。

根据2018年11月研究所官网显示，中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究院承担并完成国家及省部级科研项目180多项，其中2000年以来承担的各类国家级科研项目达50多项，有70多项研究成果通过省部级鉴定，其中12项达到国际领先水平，16项达到国际先进水平。获得国家技术发明奖1项，国家科学技术进步奖3项，省部级科技进步奖48项，在中国国内外相关学术期刊上发表学术论文740多篇，出版学术专著11部，制修订国家标准42项。

《中国野生植物资源》杂志系由中华全国供销合作总社主管、中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究院主办的综合性科技期刊。1982年创刊，主要栏目包括综述、研究报告、资源研究、应用开发、栽培技术、信息报道等。主要读者对象为农林、食品、医药、土特产、轻化工等部门科研、教学及生产人员。刊物先后入选RCCSE中国核心学术期刊、中国学术期刊综合评价数据库来源期刊、中国期刊全文数据库来源期刊、中文科技期刊数据库来源期刊和中国核心期刊（遴选）数据库来源期刊。

2014年10月14日-15日，中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究院组织的农林特产资源发展战略研讨会在南京举行。研讨会就“十五”以来农林特产资源项目的发展进行总结，同时指出了农林特产资源产业未来发展中存在的问题。大会中30余位专家分别进行了汇报，介绍了各自在特产资源研究领 域已取得的成绩，并就“十三五”农林特产资源专题项目布局和方向提出各自的见解，明确了今后的发展方向和研究目标。

2015年2月，中华全国供销合作总社南京野生植物研究院被表彰为“驻苏部属科研院所为江苏地方经济服务先进集体”。

2015年，中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究院与南京农业大学、南京师范大学联合培养研究生。

2016年，中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究院与南京师范大学联合培养研究生。

中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究院标识中心为变形的植物形状，四周环绕研究院的中英文名称及缩写。

开发利用中国丰富的野生植物和经济作物资源，为工业生产和市场提供天然原料、新产品、新技术和新装备。