南宁铁路运输中级法院前身是柳州铁路运输中级法院，1980年6月20日根据中央文件要求，柳州铁路运输审判机关开始筹建，1982年5月1日正式恢复成立受理案件。2007年11月14日，更名为“南宁铁路运输中级法院”，简称“宁铁中院”。2012年6月30日，一次性移交给广西壮族自治区党委和广西壮族自治区高级人民法院管理。2014年8月1日中院从柳州搬迁至广西壮族自治区首府南宁办公，临时办公点位于南宁市明秀西路57号，新址位于南宁市青秀区吉祥路（在建）。宁铁中院下辖南宁、柳州2个铁路运输基层法院，两级法院编制定员165人，其中中院编制70人。管辖地域为南宁铁路局所辖的4960公里铁路干线，跨越广西、广东、湖南、贵州四省区，是连接我国西南、华南、华中以及东盟国家的铁路网络，被喻为我国“西南出海出边大通道”，对服务“东盟商务圈”、“北部湾经济圈”，促进广西经济社会建设发展有着十分重要的作用。

南宁铁路运输中级法院前身是柳州铁路运输中级法院，1980年6月20日根据中央文件要求，柳州铁路运输审判机关开始筹建，1982年5月1日正式恢复成立受理案件。2007年11月14日，更名为“南宁铁路运输中级法院”，简称“宁铁中院”。2012年6月30日，一次性移交给广西壮族自治区党委和广西壮族自治区高级人民法院管理。宁铁中院作为专门法院，管辖与铁路运输有关的刑事、民商事纠纷案件。2014年9月，经最高人民法院法批准，宁铁中院下辖的南宁、柳州铁路法院将于2015年1月1日起开始分别受理南宁市、柳州市城区内发生的公路、铁路、航空运输及多式联运合同纠纷和南宁市青秀区、西乡塘区、柳州市柳南区内发生的租赁合同纠纷民事一审案件。宁铁中院、柳州市中级人民法院将受理对南宁、柳州铁路运输法院审理的上述案件提起的上诉案件。

全院内设办公室、政治部、立案庭、刑事审判庭、民事审判第一庭、民事审判第二庭、审判监督庭、执行局、研究室、审判管理办公室、司法警察支队、司法行政装备管理处、司法技术室、监察室、机关党委共15个部门，共有在编人员70人。

近年来，宁铁中院坚持邓小平理论和“三个代表”重要思想，深入贯彻落实科学发展观，紧密围绕“努力让人民群众在每一个司法案件中都感受到公平正义”工作目标，为维护广西铁路运输安全畅通，服务铁路跨越式发展，服务广西全面深化改革和实现“两个建成”目标做出了积极的贡献。一是服务大局有新成效。宁铁中院坚持把维护社会治安和铁路运输安全稳定作为首要任务，坚持严打经常性工作方针，始终把打击重点对准影响列车运营、拆盗铁路设施设备、抢劫盗窃旅客财产以及重要运输物资等严重危害铁路运输安全、影响人民群众安全的各类犯罪，为构建平安广西、平安铁道提供了强有力的司法保障。宁铁中院刑事大要案审判工作获得自治区高院考评二等奖，中院刑事审判庭被广西壮族自治区高院授予“全区法院先进集体”并记集体三等功。两级法院坚持化解社会矛盾促进社会和谐，多年来，涉诉信访率低，保持无因涉诉进京非正常上访人员的成绩，被广西壮族自治区高院授予“全区法院文明窗口单位”荣誉称号。二是司法为民有新举措。宁铁中院坚持以司法为民为工作的出发点和落脚点，把司法为民、司法便民、司法利民的要求贯彻到各项审判执行工作当中去。通过积极落实司法救助制度，开展涉党政机关执行积案清理活动、涉民生执行案件专项清案活动，积极开展巡回办案，创新网上立案方式，积极参与社会治安综合治理系统工程，深入学校、社区、铁路沿线村屯开展调研和法制宣传活动等多种有效的形式，为群众提供了方便快捷的诉讼服务，有力地维护了群众合法权益，司法为民取得了新成绩。三是审判质效有新提升。近年来，宁铁中院坚持“科学管理、严格管理、规范管理、精细管理”基本思路，创新管理模式，通过开展案件归档前检查、裁判文书检查、庭审抽查、年度案件质量评查等“全方位、多层次”的案件质量评查活动，不断健全审判管理机制等有效手段，使案件质量效率不断提高，取得了较好的成绩。2013年两级法院审判质效主要指标得分在全区法院各中院名列前茅。

宁铁中院以打造信念坚定、执法为民、敢于担当、清正廉洁的法院队伍为目标，打造“铁班子”，坚持党建带队建，构建“铁堡垒”，完善各项管理制度，筑牢“铁纪律”，狠抓队伍综合能力，铸造“铁队伍”，取得了明显的成效。近年来，宁铁中院共荣立集体二等功3个次，集体三等功3个次，个人三等功以上42人次，先后涌现出“全区政法系统百名人民满意政法干警”、“全区法院十佳法官”、“全区法院优秀法官”、“全区法院先进个人”、“全区法院办案标兵”等先进典型。被最高人民法院评为“先进集体”、“档案管理达标升级先进单位”；被铁路运输高级法院评为“先进集体”；还先后荣获全区政法系统“百家人民满意的政法单位”、“全区法院先进集体”、“全区法院文明窗口单位”、“全区法院刑事审判工作先进集体”、“全区法院信访维稳工作先进集体”、“全区清理执行积案活动先进集体”、“全区法院政工先进单位”、全区法院系统十佳“人民满意法警队”、“全区法院先进基层党组织”、南宁铁路局“先进单位”、“精神文明创建先进集体”等称号。2012年，在广西壮族自治区高院表彰的13个保持二十年无违法违纪“公正廉洁模范法院”中，宁铁中院成为全区获“全区公正廉洁模范法院”殊荣唯一的中级法院。2014年宁铁中院再次被广西壮族自治区精神文明建设委员会授予“自治区文明单位”荣誉称号。

2022年1月，最高人民法院决定，授予南宁铁路运输中级法院民事审判第一庭“全国法院先进集体”称号。