2018年7月5日，国家税务总局深圳市税务局南山区税务局挂牌成立。
主要职责
国家税务总局深圳市南山区税务局的主要职责是：
（一）负责贯彻执行党的路线、方针、政策，加强党的全面领导，履行全面从严治党责任，负责党的建设和思想政治建设工作。
（二）负责贯彻执行税收、社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章和规范性文件，组织落实国家规定的税收优惠政策。
（三）负责参与拟定所辖区域内税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划及年度目标预测，依法组织实施税收、社会保险费和有关非税收入预算目标。负责所辖区域内税收、社会保险费和有关非税收入的会统核算工作。组织开展收入分析预测。
（四）负责参与开展所辖区税收经济分析和税收政策效应分析，为深圳市税务局和区委、区政府提供决策参考。
（五）负责所辖区域内各项税收、社会保险费和有关非税收入征收管理。组织实施税（费）源监控和风险管理，加强大企业和自然人税收管理。
（六）负责组织实施本单位税收、社会保险费和有关非税收入服务体系建设。组织开展纳税服务、税收宣传工作，保护纳税人、缴费人合法权益。承担涉及税收、社会保险费和有关非税收入的行政处罚听证、行政复议和行政诉讼事项。
（七）负责所辖区域内国际税收和进出口税收管理工作，组织实施反避税调查和出口退税事项办理。
（八）负责增值税专用发票、普通发票和其他各类发票管理。负责税收、社会保险费和有关非税收入票证管理。
（九）负责组织落实所辖区域内各项税收、社会保险费和有关非税收入征管信息化系统的推广应用和数据治理工作。
（十）负责本单位内部控制机制建设工作，开展对贯彻执行党中央、国务院重大决策及上级工作部署情况的督查督办，组织实施所辖区域内税收执法督察。
（十一）负责本单位基层建设和干部队伍建设工作，加强领导班子和后备干部队伍建设，承担税务人才培养和干部教育培训工作。负责本单位绩效管理和干部考核工作。
（十二）完成上级交办的其他工作。
注：相关社保费和非税收入征管职责划转准备工作还在进行中。
参考资料
现任领导
国家税务总局深圳市南山区税务局党委书记、局长：
蔡伟群国家税务总局深圳市南山区税务局党委委员、副局长：
赖旭文国家税务总局深圳市南山区税务局党委委员、副局长：
黄艳国家税务总局深圳市南山区税务局党委委员、副局长：
孟晓燕国家税务总局深圳市南山区税务局党委委员、副局长：
陈峰国家税务总局深圳市南山区税务局党委委员、副局长：
叶潮国家税务总局深圳市南山区税务局党委委员、纪检组组长：
刘军国家税务总局深圳市南山区税务局党委委员、副局长：
王丽国家税务总局深圳市南山区税务局党委委员、总经济师：
王斌参考资料
集体荣誉
2022年7月，国家税务总局深圳市南山区税务局第一税务所被作为全国“人民满意的公务员集体”拟表彰对象公示。
2024年5月，入选2024年广东省五一劳动奖状拟推荐对象。