南山遗址，位于福建省三明市明溪县城关乡上坊村北约300米的狮子山，1986年发现。

1986年，南山遗址在文物普查时首次发现，这是一处洞穴和旷野相结合的史前文化遗存，地层保存较好、时代跨度较大。

1988年、2005年、2006年，福建省博物馆（现福建博物院）联合地方单位，对南山遗址3号洞、4号洞及山顶区域进行过3次小规模考古试掘。

2012~2017年，经国家文物局批准，中国社会科学院考古研究所、福建博物院、明溪县博物馆组成联合考古队，对南山遗址进行正式考古发掘。发掘重点区域为遗址的山顶区域、4号洞及3号洞，发掘面积约450平方米。

南山遗址由狮子山南侧山脚处的1~4号洞穴和山顶区域构成，总面积约18万平方米。3号洞、4号洞埋藏有文化堆积。发掘面积约40平方米。3号洞文化堆积厚度1.6米，4号洞文化堆积厚达4米。山顶发掘面积400平方米，文化堆积平均厚度1.5米。依据地层叠压关系及遗物特征，南山遗址史前堆积可划分为5个文化期，年代为距今5800~3500年。第一期至第三期文化仅分布于洞穴，第四期至第五期文化主要分布于山顶发掘区，4号洞有少量分布。

第一期文化（距今5800~5300年）发现史前人类活动面、火塘等遗迹，以及陶片、石制品、骨角器、动物骨骼等文化及自然遗物。

第二期文化（距今5300~4800年）发现数个史前人类活动面、火塘等遗迹。活动面平面形状不规则，长约5米，宽约4米，中部为红烧土铺垫踩踏硬面，周边发现大量灰烬。文化遗物包括陶器、石器、骨器等。

第三期文化（距今4800~4600年）发现墓葬4座，均保存有人骨，葬式包含俯身屈肢葬、仰身直肢葬和仰身屈肢葬，无随葬品。文化遗物包括陶器、石器、骨器等。

第二、三期文化层还出土了大量植物遗存，以植物种子为主，总计5.57万余粒，分别属于38个不同的植物种类。农作物数量占绝对优势，合计5.16万粒，占出土植物种子总数的93%，包括水稻、粟（谷子）、黍（糜子）、大麦、大豆和绿豆等六个品种，其中以水稻和粟、黍两种小米为主。植物遗存中还包括了与农耕生产密切相关的农田杂草，例如属于稻田杂草的辣蓼、飘拂草、水莎草，属于旱田杂草的马唐、狗尾草、看麦娘等。另外，还发现有梅子、柿子、猕猴桃、葡萄等鲜果类植物遗存。

第四期文化（距今4600~4200年），发现蓄水池2个，墓葬4座，灰坑数十个，以及一批柱洞等重要遗迹。墓葬均为土坑竖穴墓，随葬陶器，人骨朽蚀无存。其中M2随葬7件器物，包括陶豆2件，陶罐3件，陶釜2件。2个蓄水池构造、形状基本一致，长约4米，宽约2米，平面呈不规则长条形，底部分几级规律铺垫大小不等的河流砾石，蓄水池一端有类似于水窖结构的圆形深坑，坑口砌有一圈砾石，底部亦铺垫砾石。文化遗物包括大量的陶片、石制品、木炭和红烧土等文化遗物，其中可复原陶器数十件，及石箭镞、石锛、陶纺轮等。

第五期文化（距今4200~3500年），发现灰坑、柱洞等遗迹，及大量陶器、石器、骨器等。

南山遗址出土四五千年前古人类使用过的生产用具，包括石器、陶器和骨器等共计90余件。发现了大量炭化稻谷外，在4号洞发现了炭化的牵牛花种子。出土墓葬8座，有5座保存有人骨，大型蓄水池2座，灰坑十余个，近百个柱洞，以及陶、石、骨器千余件。

考古发现

南山遗址年代跨度大，文化堆积保存完整、连续，文化面貌独特，如独具特色的文化遗物，如具有一组区域特色的陶器器物群，尤以磨光黑陶和饰以多样纹饰的磨光白陶特征鲜明。填补了闽西北地区新石器时代中、晚期至青铜时代考古学文化谱系的缺环与空白，具有标杆性的意义。第五期遗存中含大量黑衣陶、具有闽江下游黄土仑类型的刻划纹灰色硬陶、以及少量彩陶等，其年代明显早于黄土仑文化，这为广泛分布于闽江下游的黄土仑文化来源提出了全新的思考方向。

山顶发掘区发现福建省内迄今最早的蓄水池遗迹、大量柱洞、灰坑，反映了当时山顶生活的史前人群规模。主要居住区由洞穴向山顶的转变，也展现出南山先民独特的山顶、洞穴相结合的空间利用特征。

作为典型的洞穴遗址，南山遗址浮选出土了数量异常丰富的农作物遗存以及相关的农田杂草遗存，为古代穴居人群的生业形态的研究提出了新的问题。南山遗址出土的水稻是目前在武夷山东麓地区发现的最早的水稻遗存；出土的粟和黍两种小米是目前在整个华南地区，包括岭南地区和武夷山脉以东地区发现的最早的小米遗存，这为探讨华南沿海地区的稻作农业特别是粟作农业的来源问题提供了关键的考古实物证据和新的线索。丰富的植物遗存为开展史前人类资源利用行为研究、植物栽培、演化、传播研究提供了较为丰富的材料。

遗址出土人骨体质人类学特征与福建漳平奇和洞遗址、广东鲤鱼墩贝丘遗址、连江亮岛人以及泰国、越南等类似遗址中的特征相似。人骨同位素研究结果表明，当时人的食物同时包括了C3类谷物水稻和C4类谷物粟和黍两种小米，含一定的食肉成分。

南山遗址对研究福建西北地区古代人们的生产生活方式、聚落形态、规模，以及生态环境、稻作农业的起源、演化与传播等，都有较高的科研价值。遗址基本上代表了福建西北部史前遗址的文化内涵，与东部沿海同期的昙石山文化有一定的相似之处，为研究福建与台湾地区史前遗存间在聚落方式与规模、文化交流、山地居民的生产与生活方式等方面关联，提供了珍贵的实物资料。

南山遗址考古工作的重大收获，对构建闽西北地区新石器时代考古学文化序列具有重要意义，对探讨福建青铜时代考古学文化的来源提出了新的思考方向，也为探讨史前人类行为模式、生业形态、人类活动、种群迁徙与交流、闽台史前文化渊源关系，以及南岛语族的起源与扩散等重要学术问题，提供了新的较为珍贵的资料。

1989年9月，南山遗址被明溪县人民政府公布为县级文物保护单位。

2001年1月，南山遗址被福建省人民政府公布为省级文物保护单位。

2012年，南山遗址作为福建省首个“考古创新工程”列入国家级考古发掘项目。

2013年3月5日，南山遗址被中华人民共和国国务院公布为第七批全国重点文物保护单位。

2016年，南山遗址被国家文物局列入重大考古遗址。

2018年12月29日，南山遗址获批第一批省级考古遗址公园。

2017年12月，南山遗址获“2017年中国六大考古新发现”荣誉。

南山遗址位于福建省三明市明溪县城关乡上坊村北约300米的狮子山。

自驾：从三明市出发经长深高速—莆炎高速—S306—南山遗址，全程大约55千米。