南平军分区归福建省军区建制领导机关迁回南平，又更名为南平军分区。

1957年5月，南平军分区归福建省军区建制领导。司令员翁少元，政治委员刘健夫(地委书记兼)，第二政治委员王德潜。机关编制72人。负责内卫治安、民兵及兵役工作。1971年8月，军分区机关迁建阳，改为建阳军分区。1989年2月，机关迁回南平，又更名为南平军分区。

归省军区建制领导时，辖南平市，南平、古田、屏南、沙县、尤溪、将乐、泰宁、建宁、顺昌、建阳、建瓯、浦城、松溪、政和、崇安、光泽、邵武、闽清、三明县等20个县(市)兵役局。以后随着行政区划的变动，撤销了南平县兵役局，三明县兵役局改称三明公社人民武装部(县团级)，直归福建省军区建制(1960年7月改称三明市人民武装部)；并先后将闽清县兵役局和古田、屏南县人民武装部划归闽侯军分区建制；将尤溪、沙县、将乐、泰宁、建宁县人民武装部划归三明军分区建制；建立又撤销建西县人民武装部。此外，松溪、政和二县一度归福安军分区建制。至1986年6月改归地方建制时，建阳军分区辖南平、邵武市，建阳、建瓯、崇安、浦城、松溪、政和、光泽、顺昌县等10个县(市)人民武装部。1989年8月，崇安县改建为武夷山市，崇安县人民武装部亦改称武夷山市人民武装部。

南平军分区党委第一书记：袁超洪

南平军分区党委书记、政治委员：崔建林

南平军分区党委副书记、司令员：王铁兵