南平出入境检验检疫局筹建于1999年8月，2000年9月正式成立对外办公。内设办公室、综合业务科、动植食科、卫鉴科和福建国际旅行保健中心南平分中心。

在编干部20人，平均年龄33岁。现有固定资产839.8万元，办公生活用房4400平方米，拥有各种设备（2000元以上）142台（套）。辖区主要业务特点是外贸企业点多面广，大规模骨干企业不多，三、四百家企业零星分散在辖区各个乡镇。辖区出口以农副产品为主，辖区禽肉制品、水产品、竹木制品、保鲜蔬菜、食用菌、茶叶等特色商品出口初具规模且潜力较大。

办公室

综合业务科

食品检验监督科

动植物检验检疫科

卫生与鉴定监管科

下设1个正科级国检办：

南平局邵武检验检疫办公室

2018年5月28日，入选中共福建省委文明办“第十三届福建省文明单位”候选名单，并向社会公示，接受群众监督。