南平市国家税务局为正处级全职能局，按照行政区划设置为南平市国家税务局。2017年11月17日，获第五届全国文明单位称号。
机构概况
其中：松溪、政和两县国地税机构未分设。所属县级局设40个税务分局。市局机关内设机构12个，级别为正科级。分别为办公室、政策法规科、货物和劳务税科、所得税科、收入核算科、纳税服务科（纳税服务中心）、征收管理科、财务管理科、人事教育科、监察室、大企业和国际税务管理科、进出口税收管理科。另设机关党委办公室、和离退休干部科，级别为正科级。市局直属机构1个，即稽查局，级别为副处级。市局事业单位3个，即信息中心、机关服务中心，级别为正科级；福建省国家税务局南平培训中心，级别为副处级。
内设机构
市局内设机构12个，级别为正科级。
（1）办公室
拟订本系统年度工作计划、有关工作制度；起草和审核重要文稿；负责机关文电、机要、会务、档案、督办、信访、保密、密码等工作；承担税收宣传、新闻发布及机关政务公开、政府信息公开工作；承办网站运行和维护工作；组织税收科研、学术交流工作；办理人大代表建议和政协委员提案的有关事项。
（2）政策法规科
组织落实综合性税收政策；承担机关有关规范性文件合法性审核工作；承办局外综合性税收政策文件会办工作；承担重大税收案件审理工作；办理行政复议、赔偿案件及行政诉讼案件；组织实施税收法律法规、部门规章及规范性文件执行情况的监督检查，承担税收执法质量考核工作；配合财政、审计等部门对税务部门的监督与审计工作。
（3）货物和劳务税科
组织实施增值税、消费税、营业税、车辆购置税的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；对有关税种的具体业务问题进行解释和处理；组织实施有关税种的纳税评估、税源管理等办法；管理增值税专用发票；指导有关税种的日常管理、日常检查；参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。
（4）所得税科
组织实施企业所得税、储蓄存款利息所得税和法律法规规定的基金（费）等征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；对有关税种的具体业务问题进行解释和处理；组织实施有关税种的纳税评估、税源管理、税基管理、汇算清缴等办法；指导有关税种的日常管理、日常检查；参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。
（5）收入核算科
牵头编制年度税收计划、出口退（免）税计划，分配下达年度免抵调库计划；监督检查税款缴、退库情况；开展税收收入分析预测、税收收入能力估算及重点税源监控、企业税收资料调查工作；承担税收会计核算、统计核算、税收票证管理等相关工作；承担税收收入数据的综合管理应用工作。
（6）纳税服务科（纳税服务中心）
组织、协调和指导本系统各部门、各税种、各环节的纳税服务工作；组织实施纳税服务工作规范和操作规程；组织落实纳税人权益保障规章制度及规范性文件；组织协调、实施纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉；指导税收争议的调解；承担12366热线、网站纳税服务栏目、短信系统的运行管理工作。
（7）征收管理科
组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件，
拟订具体操作办法；组织实施综合性纳税评估办法，承办征管质量考核、风险管理和税收收入征管因素分析工作；承担税务登记、纳税申报、普通发票管理、税控器具推广应用等方面的相关工作；组织落实个体和集贸市场税收征管、税收管理员制度。
（8）财务管理科
组织实施会计核算、会计基础规范工作，分析考核征税成本；组织实施国库集中支付工作，办理具体支付事项；承担本系统基本建设、资产管理、政府采购、着装管理工作；组织实施财务管理、基本建设项目、大宗物品采购审计和领导干部经济责任审计工作。
（9）人事教育科
组织落实干部人事管理制度；承担机构编制、干部任免、人员调配、劳动工资、人事档案、公务员管理、专业技术职务管理等人事工作；承担下一级领导班子及领导干部和后备干部的管理、考核及监督工作；监督检查本系统执行干部人事规章制度情况；拟订年度巡视工作计划，组织开展巡视工作；管理机关和系统外事工作。组织实施本系统思想政治工作、精神文明建设、税务文化建设和基层建设；拟订并组织实施人员培训、学历教育工作规划、年度计划，开展培训质量考核与评估；指导系统党建、工会、共青团、妇委会工作。
（10）监察室
组织落实纪律检查、行政监察工作制度，拟订具体实施办法；
监督检查下一级领导班子及其成员贯彻民主集中制、选拔任用干部、贯彻党风廉政责任制和廉政勤政的情况；组织协调本系统的党风廉政建设和反腐败工作；受理对本系统工作人员违法违纪行为的检举、控告及有关申诉；查处本系统工作人员违法违纪案件及其他重要案件；开展执法监察和纠风工作。
（11）大企业和国际税务管理科
承担对大型企业提供纳税服务工作；承担对大型企业的税源管理、纳税评估和日常检查工作；承办汇总（合并）纳税企业税收日常检查的有关工作；承担有关税收法律法规和国家（地区）间税收协议、协定（安排）的具体执行工作；组织实施特别纳税调整工作，解释和处理具体业务问题。
（12）进出口税收管理科
组织实施进出口贸易税收管理工作，拟订税收管理具体实施办法；承担出口货物退免税的审核审批、年终清算工作；组织进出口税收政策执行情况的日常监督检查；配合有关部门开展反骗税工作。
机关党委办公室 负责机关和直属单位的党群工作；承担机关思想政治工作和精神文明建设；承担入党积极分子的教育培训考察工作及发展党员工作。
离退休干部科 承担机关离退休干部的服务和管理工作，指导本系统离退休干部工作。
机关党委办公室和离退休干部科机构级别为正科级。
现任领导
国家税务总局南平市税务局党委书记、局长：王良辉
国家税务总局南平市税务局党委副书记、副局长（正处长级）：黄玉忠、黄永明
国家税务总局南平市税务局党委委员、副局长：林金和、余平、季建国、吴俊、聂建霖、王芸生
国家税务总局南平市税务局党委委员、纪检组组长：吴建业
国家税务总局南平市税务局党委委员、总经济师：乐开华、杨志辉
国家税务总局南平市税务局党委委员、总会计师：陈展宏
机构职能
国家税务总局南平市税务局（以下简称“南平市税务局”）的主要职责是：
（一）负责贯彻执行党的路线、方针、政策，加强党的全面领导，履行全面从严治党责任，负责党的建设和思想政治建设工作。
（二）负责贯彻执行税收、社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章和规范性文件，研究制定具体实施办法。组织落实国家规定的税收优惠政策。
（三）负责研究拟定本系统税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟定税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施。负责本系统税收、社会保险费和有关非税收入的会统核算工作。组织开展收入分析预测。
（四）负责开展税收经济分析和税收政策效应分析，为国家税务总局福建省税务局和市委、市政府提供决策参考。
（五）负责所辖区域内各项税收、社会保险费和有关非税收入征收管理。组织实施税（费）源监控和风险管理，加强大企业和自然人税收管理。
（六）负责组织实施本系统税收、社会保险费和有关非税收入服务体系建设。组织开展纳税服务、税收宣传工作，保护纳税人、缴费人合法权益。承担涉及税收、社会保险费和有关非税收入的行政处罚听证、行政复议和行政诉讼事项。
（七）负责所辖区域内国际税收和进出口税收管理工作，组织反避税调查和出口退税事项办理。
（八）负责组织实施所辖区域内税务稽查和社会保险费、有关非税收入检查工作。
（九）负责增值税专用发票、普通发票和其他各类发票管理。负责税收、社会保险费和有关非税收入票证管理。
（十）负责组织实施本系统各项税收、社会保险费和有关非税收入征管信息化建设和数据治理工作。
（十一）负责本系统内部控制机制建设工作，开展对本系统贯彻执行党中央、国务院重大决策及上级工作部署情况的督查督办，组织实施税收执法督察。
（十二）负责本系统基层建设和干部队伍建设工作，加强领导班子和后备干部队伍建设，承担税务人才培养和干部教育培训工作。负责本系统绩效管理和干部考核工作。
（十三）负责本系统机构、编制、经费和资产管理工作。
（十四）完成国家税务总局福建省税务局和市委、市政府交办的其他工作。
直属机构
市局直属机构1个，即稽查局，机构级别为副处级。
稽查局主要职责：组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调税收违法案件的查处、审理和执行工作；受理税收违法案件的举报；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作；承担金税工程发票协查工作；牵头组织税收专项检查工作。稽查局设7个内设机构，级别为副科级，分别是：综合科、综合选案科、检查一科、检查二科、案件审理科、案件执行科、举报中心。
事业单位
市局事业单位3个，即信息中心、机关服务中心，级别为正科级；福建省国家税务局南平培训中心，级别为副处级。
（1）信息中心
落实税收管理信息化建设规划和实施方案，执行信息系统管理制度和技术标准；承担本系统信息化建设的技术支持、保障工作；承担税收管理信息系统的运行维护工作；组织本系统信息安全管理与实施。
（2）机关服务中心
承担机关后勤事务的管理、保障和服务工作，拟订机关事务具体工作制度并组织实施；承担机关办公用品的采购、保管、分配、维修；参与机关后勤体制改革工作；指导本系统后勤服务工作。?
（3）福建省国家税务局南平培训中心
承担系统干部职工更新知识培训、岗位技能培训、专项业务培训及系统干部任职培训等培训工作任务。
获得荣誉
2017年11月，南平市国家税务局获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。