南开大学深圳金融工程学院（Nankai University Shenzhen Institute of Financial Engineering）是由南开大学、深圳市政府以及部分国外著名高校和部分知名企业共同建设的专业学院。该学院成立于2002年5月，是国内首家金融工程学院。

2002年4月，教育部正式批准南开大学深圳金融工程学院项目，学院由南开大学、深圳市政府以及部分国外著名高校和部分知名企业共同建设，当年11月举行揭牌仪式。

2005年1月15日，南开大学深圳金融工程学院一期工程正式开工。

2005年9月22日，南开大学深圳金融工程学院2005级新生开学典礼在深圳大学城举行。

2009年12月19日，深圳市委常委、副市长陈应春在深圳国际金融城市建设与人才战略研讨会上就外界普遍关心的南开金融工程学院项目问题首次表态，承认该项目“已经失败”。

2010年1月，南开大学深圳金融工程学院校址由南方科技大学筹备办公室全面接收，作为南方科技大学（筹）启动校区。

南开大学深圳金融工程学院建立之初定位相当高：“国内金融工程学院，重点培养金融分析、金融工程、国际金融等专业领域的前沿人才。”在师资方面聘请经济学家、诺贝尔经济学奖获得者蒙代尔教授，著名经济学家、中国证监会前主席刘鸿儒教授同时受聘为该学院的名誉院长。

按照当时的规划，学院将争取在5年内达到在校生3000人的规模。当年南开大学先在校本部招收了第一批共108名金融工程硕士研究生，并计划将在深圳的学院建成以后，全部迁入该学院。

当年深圳市政府也对此给予了很大的期望，但由于学校理念与政府愿望、想法无法融合，深圳市政府当年的投资也无法实现回报，最终导致双方的合作破裂。

深圳市金融办主任李林表示，深圳市与南开进行合作，前后花了一年多的时间来谈判，还专门邀请台湾金融研究院参与研究，方案都做出来了，但要提交给市政府常务会议来讨论之际，南开方面却主动撤了，对此他也感到十分遗憾。

除了资金与优惠政策外，当年深圳市政府还专门拿出了一块地，准备兴建该学院。深圳已经规划出大学城东校区作为南开大学用地，国土局甚至完成了学院15万平方米征地拆迁工作，办理了土地移交手续。

深圳市已收回了所有的优惠政策，土地由南方科技大学接收。