南方医科大学基础医学院是南方医科大学的一个二级学院，前身是原第一军医大学基础部，创建于2005年。学院现有中国科学院院士1名，中国工程院院士2名，全国模范教师1人，国家级教学名师2人，全国优秀教师3人，此外，拥有长江学者、国家自然科学基金杰出青年基金获得者、973项目首席科学家等国家级人才60余人次，享受国务院政府特殊津贴18人。
基础医学院学科体系比较完善，现设有人体解剖学、组织胚胎学、病理学、 病理生理学、免疫学、法医学、医学遗传学、细胞生物学、 生理学、神经生物学10多个教研室,1个医学基础实验教学中心以及1个生物信息学研究室等。拥有“基础医学” 博士学位授权一级学科，另有8个二级学科为博士授权点，11个硕士授权点。现有1个国家重点学科，1个
博士后科研流动站，2个广东省A类重点学科。 有1个省部共建的
教育部重点实验室和5个广东省（军队）重点实验室、1个广东省司法鉴定中心，另有3个校级重点实验室。 学院拥有一支力量雄厚、治学严谨、充满活力的师资队伍，现有专任教师160多名，其中正副教授61人，具有博士、硕士学位的教师占80%以上。拥有中国科学院和中国工程院院士2人，获973项目首席科学家1人、“
国家杰出青年科学基金”3人，有总后勤部“科技银星” 1人、“科技新星” 4人， 1人获“科学技术一代名师”、2人获“伯乐奖”。 还有4人先后获
中国青年科技奖、2人获广东省丁颖科技奖，2人被评为广州市“十大杰出青年”。 全国优秀教师2人、全军优秀教师5人、总后优秀教师16人，有16人享受
政府特殊津贴。现有博士生导师23人、另有硕士生导师18人。
学院专业优势明显。2020年基础医学院被教育部评为基础学科拔尖基地2.0，基础医学和生物信息学2个本科专业进入首批国家一流本科专业建设点。拥有国家级实验教学示范中心和国家医学形态学虚拟仿真实验教学中心，开设国家级精品课程3门，国家一流线下课程2门，国家级双语教学示范课程2门，广东省一流线上课程2门，广东省研究生示范课程3门。2019年，基础医学专业开办“院士创新班”，实施全程导师制。在校本科生、硕博士研究生1300余名，研本比例大于1。主编一批包括国家“十二五”规划教材在内的系列高质量专业教材。已有毕业生脱颖而出，崭露头角，毕业生中有1人获中国工程院院士、1人担任省部级职务、2人获全国优秀教师、教学名师，9人获国家杰青，5人获“全国五一劳动奖章”等国家级荣誉，一批毕业生成为行业精英和优秀学科学术带头人。
学院拥有精神健康研究教育部重点实验室及6个广东省重点实验室；2019年，广东省批准我校牵头组织粤港澳18家高校及科研机构建设“粤港澳大湾区脑科学与类脑研究中心”。临床解剖学与组织器官修复与再生、病理学与重大疾病的病理生理学机制、病原生物学与传染性疾病的病原学基础与转化、医学遗传学与遗传疾病诊断及个体识别、医学神经生物学与精神疾病的研究与转化等五大研究领域具有较大的学术影响。2011年以来，学院共承担各类竞争性科研项目909项，其中国家级科研课题469项，经费共计6.06亿元。十年来先后承担国家自然科学基金重大与重点项目、国家科技支撑计划项目、“973”、“863”项目等国家级重大重点项目48项；作为第一完成单位先后获得省部级以上科技成果9项，其中国家自然科学奖二等奖2项，国家科技进步奖二等奖1项。以通讯作者单位在Cell, Nature Cell Biology, Nature Genetics, Cell Stem Cell,Blood, Nature Chemical Biology等期刊发表SCI论文1629篇，其中影响因子大于10分论文152篇。