南方医科大学皮肤病医院前身为广东省平洲医院，成立于1964年，2017年成建制划转到南方医科大学，经过近60年的发展，现成为一所集皮肤性病临床诊疗、教学、科研、预防为一体，同时承担全省性病、麻风病防控策略制定、组织实施及业务指导的三级甲等皮肤病专科医院。

1964年，广东省平洲医院应运而生，专业开展病人收治和防治工作。

2012年，医院加挂“广东省皮肤病医院”牌子。

2017年，医院成建制划转至南方医科大学，成为大学直属附属医院。

2020年12月，南方医科大学皮肤病医院与广州市白云区政府签订战略合作框架协议，在白云湖数字科技城规划用地78亩建设白云院区，即南方医科大学第九附属医院。

2022年5月20日，南方医科大学皮肤病医院举行“三级甲等医院”揭牌仪式，这是广东省首家三级甲等皮肤病医院。

2024年12月5日，南方医科大学皮肤病医院（广东省皮肤性病防治中心、南方医科大学第九附属医院）新院区在白云湖数字科技城正式奠基。

党委书记：陈旭坚

院长：杨斌

预防保健科 //内科 | 变态反应专业 //外科 | 普通外科专业 | 整形外科专业 //妇产科(限妇科专业门诊) //皮肤科 | 皮肤病专业 | 性传播疾病专业 //医疗美容科 | 美容外科 | 美容皮肤科 | 美容中医科 //康复医学科 //麻醉科 //医学检验科 //病理科 //医学影像科 //中医科 | 皮肤科专业 //中西医结合科

2017-2022年中国医院科技量值皮肤病学排名，南方医科大学皮肤病医院上升31位，位居全国第11名，并连续五年排名广东省第一。

2024年6月28日，荣获2024年度健康科普贡献奖。