南方科技大学创新创业学院于 2016 年 8 月正式设立，为了突出“创知、创新、创业” 的办学特色， 南科大结合当前科技创新的新趋势和对人才培养的新要求，服务深圳国际科技、产业创新中心建设和国家发展。学院致力于聚焦工业研究，培养创新创业高端人才，孵化高技术企业。
创新创业学院以高标准、国际化为参考目标，现已建立一支以40名研究教授为核心、40多名其他院系和国际名校研究教授为支撑、百余名兼职产业界教授为支持的高水平师资队伍，实现高水平创新和优质教育。现有23名专职研究教授，其中原工程研究院及高校-院所长、高级研究员4人，原大型企业高级科学家、技术总监5人，海归创业公司董事长7人。机械、材料、数学、生医工、电子、计算机、环境等院系积极参与产学研转化的教授40余人，其中院士2人。现已聘请60位来自行业内大型企业、
高新技术企业、工程类研究院所的高管和专家担任产业教授、业界导师，计划达到100人以上。
学院围绕产学研，现已建成1个先进功能性电子材料联合实验室；6个实践基地，
深圳市银宝山新科技股份有限公司、深圳市华大基因学院，
深圳光启高等理工研究院，
深圳市博恩实业有限公司，
深圳市蘑菇财富技术有限公司，
北京协同创新研究院；正在筹建
航空航天技术、重大科学仪器、智能制造、大数据、先进材料、
生物医学工程中心实验平台。学院参照IDEALLAB，设立创业平台，为一流项目和一流人才配备一流的资金筹措和管理团队，实现技术天才价值最大化。通过跨学科合作实现原始发明的效益最大化，强化并加速实施进度。
创新创业学院志在为国家培养具有优秀的创新思维、较高理论水平和突出的解决实际问题能力的创新创业高端人才。学院规划开设《工程设计与实训》、《设计文化》、《整合创新设计》等10余门创新创业课程，现已联合电子、材料、环境三个系牵头成功申请了工程硕士专业学位点。学院联合机械系、人文中心共建的《创新设计与工程实践》课程已入选广东省创新创业教育课程。两年来，学院已招收了194名工程硕士,已建立较为完备的、独具特色的研究生培养方案和课程体系。