南方科技大学医学院为
南方科技大学二级学院之一，2015年开始筹建，2018年正式立项成立。学院定位是建设一所扎根深圳、面向中国和世界、理工医人文交叉融合、国际化的研究型医学院。
2016年1月5日，南科大与
伦敦国王学院签订战略合作协议。7月19日，南方科技大学与
约翰霍普金斯大学签订合作协议，共同筹备南方科技大学医学院。12月28日，南山区人民政府与南方科技大学举行合作签约仪式，共同建设
西丽人民医院、打造附属医院进行合作。
2017年2月3日，医学院建设方案专家论证会成功召开。5月28日，深圳市政府六届一百二十三次常务会议原则上通过《南方科技大学医学院建设方案》，同意南方科技大学医学院进入建设项目立项程序，
深圳市人民医院和
深圳市第三人民医院成为南方科技大学直属附属医院。10月8日，南方科技大学第一附属医院和南方科技大学第二附属医院相继在深圳市人民医院、深圳市第三人民医院揭牌。
2018年3月21日，南科大临床医学专业获批，标志着南方科技大学进入理、工、医学全面发展的阶段。6月10日，南科大与伦敦国王学院签署合作协议，探索建立联合医学院，联合授予临床医学本科学位。7月1日，医学院创院院长正式上任，由世界十大甲状腺癌专家学者、美国约翰霍普金斯大学终身医学教授
邢明照担任创院院长。
截至2021年9月，医学院总人数234（含访问类），其中教职工174人。院士1人，教研系列讲席教授5人、教授9人、副教授8人、助理教授11人；教学系列教授3人，副教授1人；研究系列研究副教授2人，研究助理教授16人。
截止2020年12月31日，医学院共发表论文143篇；在研科研项目共54项，合计4516.34万元，其中科技部2项、国家级18项、省级9项、市级16项、校级及横向9项；专著9项；授权发明专利4项；获奖7项；举办学术讲座140场（南科大讲堂4场），举办高水平会议11次。