南方科技大学数学系成立于2015年6月，截止2018年11月，共有教师36人，其中28人属于科研教学系列，8人属于教学序列。在科研教学序列中，有讲席教授6人，教授7人，副教授3人，Tenure-track助理教授7人，助理教授5人。本系有基础数学、计算数学、概率论与统计学3个学科方向，包含动力系统、代数与组合数学、偏微分方程、数学物理与微分几何、计算数学、概率论、统计学、金融数学等8个主要研究领域。

2018年，南方科技大学数学学科获批专业硕士、专业博士学位授权点。