南方科技大学理学院为南方科技大学二级学院之一，成立于2017年12月6日，是以从事现代基础科学理论及其相关应用科学技术为主的基础性、研究型学院。

2011年12月，南方科技大学物理系和化学系与学校同时成立。

2015年6月，南方科技大学数学系成立。

2016年10月，南方科技大学与诺贝尔化学奖得主罗伯特•格拉布斯（Robert H. Grubbs）合作建立的深圳格拉布斯研究院揭牌。

2016年12月，南方科技大学地球与空间科学系成立。

2017年10月，南方科技大学量子科学与工程研究院揭牌。

2017年12月，南方科技大学理学院成立。

2019年2月，南科大杰曼诺夫数学中心正式揭牌。

2019年4月，南方科技大学统计与数据科学系成立。

数学系

物理系

化学系

地球与空间科学系

统计与数据科学系

深圳格拉布斯研究院

南科大杰曼诺夫数学中心

先进光源科学中心

学院坚持以培养“厚基础、宽口径、求创新、重实践”的复合型拔尖人才为目标，依托基础学科优势，注重学生创新精神与实践能力的培养。

学院现有中国科学院院士10人（全职7人）、国际院士3人（全职1人）、国家杰青21人、国家优青8人、教学科研序列教授153人，已初步建立起以院士为核心，以中青年学术骨干为主力的人才梯队。多人入选珠江学者、孔雀计划，并担任国际学术期刊主编、副主编、编委，在国内外学术机构任职。

学院现已建成覆盖博士、硕士、学士完整教育层次的人才培养体系，设有8个本科专业、4个硕士学位授权点、4个博士学位授权点、2个博士后科研流动站。

学院现已获批1个国家级科研平台，3个省级重点实验室，7个市级重点实验室，4个院级专业研究所或交叉研究中心以及1个校企合作实验室。截止2021年，已建立起深圳国家应用数学中心、广东省计算科学与新材料设计重点实验室、广东省量子科学与工程重点实验室、广东省催化化学重点实验室、深圳小分子药物发现与合成重点实验室、深圳市深远海油气勘探技术重点实验室、南科大-华为技术有限公司先进光源联合实验室等大型科研平台。