中国人民解放军海军南海舰队的前身是广东军区江防司令部。成立于1949年12月15日，由广州市军事管制委员会海军接管处、两广纵队第2师和粤赣湘边纵队的部分人员组成，司令员和政治委员由广东军区副司令员洪学智兼任。1950年12月3日，增调陆军第58军第173师师部和第四野战军补训第2师的部分人员，扩建成中南军区海军。根据国防部1955年8月6日命令，于10月24日改称海军南海舰队。至1992年10月，所属榆林基地、南海舰队航空兵、海军广州基地和湛江基地先后成立。为中国人民解放军海军三大舰队之一，是中国海军力量的重要组成部分。

中国人民解放军海军南海舰队的前身是中国人民解放军中南军区海军，成立于1949年11月。

1949年11月，中国人民解放军广东江防司令部成立。

1950年12月广东江防司令部和陆军44军指挥机关合并成立中南军区海军，与华东军区海军、海军青岛基地构成了海军三大舰队的雏形。

1955年8月6日，中华人民共和国国防部发布命令，中南军区海军更名为中国人民解放军海军南海舰队，隶属海军和广州军区。

南海舰队负责防卫南中国海水域，特别是南海诸岛的安全。司令部设在广东湛江。舰队下辖水警区、舰艇支队、舰艇大队等。

解放军南海舰队曾参与了对南越的西沙之战、对越南的赤瓜礁海战并取得丰硕战绩。涌现出战斗英雄麦贤德、杨志亮等英模和中建岛“天涯哨兵”、“爱民抢险七勇士”等英模群体。

现任司令员：王　海（海军中将）

现任政治委员：杨志亮（海军中将）

现任南海舰队副司令员兼南航司令员的是崔玉忠少将

苏士亮、吴胜利、蒋伟烈、沈金龙、苏支前

2014年在海军组织的一次不打招呼的战备拉动中，该潜艇支队支队长王红理作为指挥员，带领372潜艇紧急出航，潜入大洋，期间成功处置重大突发险情，并克服重重困难，圆满完成战备远航任务，创造了我国乃至世界潜艇史上的奇迹，受到了习主席和军委首长的高度褒奖。

2014年9月2日下午，中央军委给王红理、海军给372潜艇记一等功庆功大会在南海舰队某潜艇支队礼堂举行。中央军委委员、海军司令员吴胜利宣读了中央军委和海军的通令，分别给王红理和372潜艇颁发了奖章证书、奖状。总部机关、部队驻地领导及海军官兵1100余人参加大会。

2014年8月30日，新加坡海军“刚毅”号护卫舰抵达湛江某军港，开始对中国海军南海舰队为期5天的友好访问，南海舰队在码头举行欢迎仪式。此次来华访问的“刚毅”号护卫舰共有官兵91人。

2017年04月23日，人民海军成立68周年。南海舰队某基地举行舰艇开放日活动，轻型护卫舰泸州舰、清远舰敞开怀抱，向当地民众开放。驻地党政机关、企事业单位、学校和社会团体代表1000余人，分批登舰参观。近距离感受舰艇官兵的工作生活环境，使市民进一步增强了维护海洋权益、建设海洋强国的国防意识。

2017年7月22日至26日，中俄两国海军在波罗的海海域进行了“海上联合-2017”联合演习第一阶段演习，中国海军导弹驱逐舰合肥舰、导弹护卫舰运城舰、综合补给舰骆马湖舰以及舰载直升机、陆战队员参演。中国新闻网报道称，这三艘战舰自海南三亚某军港起航，穿越马六甲海峡、苏伊士运河、英吉利海峡等著名海峡水道，航行一月余，首次在波罗的海与外军进行联演。合肥舰、运城舰、骆马湖舰均隶属于中国海军南海舰队。

2017年12月，南海舰队航空兵组织轰炸机、歼击机、预警机等多机型数十架战机分批从异地机场起飞，赴西太平洋某海域与航经该海域的海军第二十八批护航舰艇编队进行对抗训练。此外，南海舰队和东海舰队、北海舰队共40多艘舰艇在东海某海域进行了导弹专业竞赛性考核，参演兵力在近似实战环境下接受了全方位的检验和考核。