南通市
档案馆隶属于中共南通市委、市政府的国家综合性档案馆，是南通地区永久保管重要档案的基地，是社会各南通市档案馆界利用和研究档案史料的中心。
南通市档案局和南通市档案馆是一个机构两块牌子，为市委，市政府直属正处级事业机构，依照国家公务员制度管理。受市委、市政府委托，档案局（馆）全面履行全市档案事业行政管理和档案的收集、整理、保管、利用两种职能。档案局（馆）全面贯彻实施《
中华人民共和国档案法》、《
江苏省档案管理条例》等有关法律、法规，加大档案接收、征集工作力度，大力丰富馆藏，注重拓展档案馆的社会教育功能。与全市各项事业协调发展，具有一定地方特色的档案事业体系正逐步形成，档案工作在全市各项事业中发挥着不可或缺的作用。
南通市档案馆馆藏档案资料内容丰富，史料珍贵。至2007年底，馆藏档案610个全宗，411038卷、52632件,馆藏资料28684册。这些档案、资料全面记载了南通地区社会发展的历程。馆藏档案，资料内容丰富，价值珍贵。馆藏中有(清)雍正九年的《潭度黄氏族谱》、乾隆十一年(1747年)的地契；有明、清时期编纂的反映南通政治、经济、风土人情等的历史资料；有辛亥革命以后的民国档案、资料；有中国共产党建立后的革命历史档案、资料；有中华人民共和国成立以后的南通地区(市)档案、资料；有清末状元、中国
民族资产阶级的杰出代表张謇档案以及张謇创建的大生企业集团档案以及建国前后南通历史上的名人档案等等。馆藏资料由内部资料、期刊、报纸、图书等组成。
南通市档案馆根据《中华人民共和国档案法》中关于开放档案的规定分期分批对馆藏档案进行了划控，截止2006年年底，已有243个全宗，47001卷、213302件档案向社会开放，其中建国前的为37621卷，建国后的为9380卷、213302件。