南部氏是清和源氏武田氏的支族。 兴起于甲斐国南巨摩郡南部邑。新罗三郎义光的五世孙------远光之三子光行是为其祖。光行和其父加贺美次郎远光同为源赖朝的近臣。文治五年参加了奥州征伐。因其功绩，被赐予糠部五郡之地。糠部五郡是指陆奥北部一带的广大土地，即糠部郡、岩手郡、閇伊郡、鹿角郡、津经郡五郡。

但是，能确认远光、光行受领糠部五郡这件事，可信度高的史料仅有著名的《吾妻镜》。因为保存有盛岗南部氏这一段事记的现存后世文献中，也只有《吾妻镜》了。然而，这件事捏造的可能性很大。因为在镰仓时期，糠部郡的地头或地头代只限由北条氏御内人工藤氏担任。

据近世所传，南部氏初代光行于建久三年（1192）春，在三户筑平崎城，占据了地头代之职，而他自己也是在从镰仓回来之后就在那儿去世（自身は鎌仓に帰り同地で没した）。从世系表上看，初代光行一共有六子。长子彦太郎行朝因是侧室所生，所以被过继给了他家，日后成为一户氏的始祖。次子彦次郎实光是正室所生，所以继承了正统。三子波木井六郎实长是后根城（八户）南部氏的先祖。根城南部在南北朝时十分活跃，在中世纪也一度成为南部氏的代名词。四子七户太郎三郎朝清是七户氏、久慈氏的始祖。五子四户孙四郎宗朝是金田一氏、栉引氏、足沢氏的先祖。六子九户五郎行连是九户氏、小轻米、江刺氏之祖。

奥州南部氏的始祖可以说是波木井南部师行、政长兄弟之父时实。时实是南部氏直系嫡流的正统继承人。后来委让家督之位给长子政光。在战国后期时，此系的南部氏和波木井南部氏同被武田信虎消灭。考虑到惣领制嫡子单传的固定模式，时长独立的事的可能性也就大大增强。

这一族于南北朝时代开始繁荣起来，并作为南朝的所属势力将津轻的敌对豪族势力曾我氏消灭，表现活跃一时。不久后转投北朝，在室町时代得到了飞速的发展

然而，南部氏的系世谱上存在众多疑点。以光行之子、家光之弟实长为祖先的八户南部氏、宗家的三户南部氏的时历不鲜明，因此在14世纪末的史料中罕为一见。

在室町初期，三户南部氏13代守行是为众人所知的智谋之将，応永十六年（1409）讨伐谋反的足利满隆时有功，被赐予陆奥守之职。可是，自守行起，直到23代安信的这段南部氏历史却并不明确。对这段历史的了解，也仅仅停留在十四代义政曾于永享十一年（1439）参加讨伐足利持氏的战争并立功这件事上。

大永四年，23代安信平定津轻地方的叛乱，开始在历史舞台上崭露头角。在消灭了在浪岗居住的、北畠显家的子孙浪岗氏之后，以此为起点，开始了战国大名化。

天文九年（1540）在安信之后继位的晴政（晴信？）开始南下，发动了岩手郡攻略，攻打户泽氏。并在永禄年间进入鹿角郡和秋田氏争夺领地。晴政闪电一般的军事行动，也为三户南部氏确立了优势地位。

晴政原称大膳大夫，后来于天文八年（1539）拜领了足利将军义晴的“晴”字，并以“晴政”的名字继承了家督之位。之后，滴石户泽氏和紫波斯波氏进攻岩手郡，被石川高信击退，滴石户泽政安被追放到了秋田。之后又击败了斯波经诠。曾动荡中的岩手郡诸豪终于归顺，使郡支配得以最终巩固。之后，乘八户信长上京都不在，留守的八户家中联合新田氏，在永禄十年把信长排斥在宗家之外，夺取了南部家的宗主权。

乘南部氏内部一片混乱之时，秋田的安东近季开始谋图攻占鹿角郡。毛马内城的守将毛马内秀范、大汤昌俊、大里丰前等人怀抱并展开软硬两种战略，因此南部氏的反抗反反复复。然后，名牛城被攻占，随后鹿角郡陷落。翌年（即十一年，1568）三月，晴政展开了以石川高信、九户政实等人为中心的反击战，鹿角郡被成功夺回。

之后，石川高信赴任津轻郡代。然而在此之前，当地势力不服从前郡代的政策，结果发起了叛乱扰乱团结的大局。结果，前郡代被叛军追放。晴政以石川高信为将，讨伐了浪岗一族，平定了津轻地方。借此机会，石川高信便入住石川城成为新的津轻郡代。可是，津轻地方的独立思想残余仍然很强。在大浦为信的叛乱中，石川城遭到猛攻，石川高信英勇战死。

睛政希望有一个好儿子作为自己的继承人，于是把自己的女儿嫁给了石川高信之子信直，信直也过继成为晴政的嗣养子。后来晴政的亲儿子出生。以聪明勇猛为人称颂的睛政对自己的亲子却十分溺爱，结果致使家中分立成信直派和晴继派两派。最后晴继成为晴政的继承人继承的大业。

晴继继承晴政之位后，家督就相继被暗杀，最后南部氏的正统血脉断绝。而另一种说法是，晴政是因病去世，信直直接继任为家督。

信直一时成为成为晴政的养嗣子。元龟三年（1572年）“屋里之乱”中，信直开始与晴政对立。之后，南部家内部表面上即出现了石川高信派和九户政实派的对立局面。天正十年（1582）信直开始三启城攻略，讨伐晴政。可是，当主继承的事上家臣们出现了分歧。九户政实推立自己的弟弟九户政亲，而信直因为正室已死而遭到排斥。群众舆论纷纷出现，讨论争执异常激烈。后来，北信爱领百余名兵士到三户城迎接信直，宣布他继位为南部氏第26代家督。

之后，信直攻打了岩手郡下的高水城，掌握了西骏河（注：原文为“西御所”）。天正十三年（1585），大浦为信攻打三户南部管辖下的外滨油川城，信直任命东政胜为主将出兵津轻。可是，十和田湖西北的浅赖石城主千德政氏对为信方突然翻脸，政胜军大败，津轻失陷。九户政实的对抗使信直明显感到领内统一的不安。再者丰臣秀吉势力的逼近，使信直不得不思索一个能打开局面的方案。于是，信直就指派八户政荣和北信爱将南部家的由绪书送给秀吉。

翌十四年（1586）八月，前田利家送来了信直盼望的回信。翌十五年（1587）二月，信直在利家的允许下派出了信爱。四月，信爱进入加贺金滨城。当时，秀吉正在九州征伐中。利家在拿到秀吉派人送到的朱印状后便立刻起身归国。信直得到了前田利家送到的北国申次起请文，便得到丰臣政权认可的南部物（下加“心”）领权。翌十六年（1588）紫波郡高水寺城城主斯波诠元死，南部氏乘机夺取了紫波郡。

十八年（1590），丰臣秀吉要求信直参加攻打小田原。可是因为九户政实的叛意，信直不得不委派八户直荣随八户政荣领兵一千前往小田原谒见秀吉。而信直则随秀吉平定奥州的军队向前进发。大森再度谒见秀吉，受领了南部五郡（糠部、閇伊、岩手、鹿角、紫波）的朱印状。

最后，九户政实将对信直的敌意贯穿到底，同年春拒绝向津轻出兵。十九年（1591）正月，三户不再向信直拜年，并开始纠集大崎、葛西两氏的浪人。三月，栉引清长、七户家国、久慈直治及政实的亲弟弟实亲的势力开始集结。九户势力的气势十分强烈。信直被三户城叛军穷追，不得不向秀吉请求救缓。之后，中央所派出的蒲生、浅野的奥州再仕置军成功诛伐了九户政实。

平定九户势的叛乱之后，信直开始帮忙秀吉征讨户沢、雫石、川村、斯波、稗贯、和贺、阿曾沼等地，并支配有岩手、志和、稗贯、和贺、闭伊等诸郡，南部氏和中央政权越来越亲近。而这时，夺回津轻的悬案再次复燃。而津轻为信已被确认为大名。秀吉在这时也看到津轻氏和南部氏之间的矛盾冲突。同年九月，信直和嫡子直利一起谒见秀吉，请求以和贺、稗贯两郡为代价换回津轻。

文禄元年（1592），信直领内诸城因年久失修开始出现不同程度的毁损。在得到丰臣政权的许可后，开始动工修筑盛岗城。出兵朝鲜和京都出阵时，伏见城负担有提供军马等军需的义务。后来，信直在福岗死去。信直和中央政权结合，并没有违背时代的进程，夺回了津轻地方，构筑了盛冈藩十万石的近代大名。