南门港(Nanmen Gang) 位于崇明县南部长江边。因地处崇明县城南门外，故名。共有客运码头两座、货运码头3座。1972年在今址建客运码头，跑道长112米，宽6米，钢筋混凝土结构。趸船长60米，宽10米，钢质结构，可供双体客船靠泊，靠泊能力1000吨级。

1986年新建候船室，售票楼，建筑面积2806平方米。近年新建客运码头1座，规模同前。货运码头2座：1966年建于砌立坡石码头1座，长100米，可供4艘百吨级船舶候潮停靠；1972年建海岸固定式钢筋混凝土结构码头1座，长64米，宽12米，两端各有跑道一条，可供千吨级货驳和海轮停靠。辟有至吴淞的客运航线和至石洞口、浏河的车客渡。年旅客流量约260万人次，货物吞吐量约37.2万吨，车辆流量为6.6万辆次。

南门港客运始于清光绪二十二年(1896年)。光绪三十三年后，先后设有朝阳、大运、南阳轮埠。民国21年(1932年)，大运轮埠改名天运轮埠。至民国33年，三个轮埠均废。1949年9月，在崇安路东侧建客货两用码头。1953年淤浅，客轮改泊崇安路口海军码头。1960年该码头淤浅，在南门港东侧另建钢筋混凝土结构的客货两用码头。1972年该码头改建为货运码头，在其东侧建新客运码头，形成今南门港规模。