南麂列岛国家级自然保护区位于浙江温州市平阳县东南海域，距鳌江港56千米，离台湾岛约150千米。区域总面积201.06平方千米，陆域面积11.3平方千米，由大小52个岛屿组成。保护区建于1990年9月30日，是中国国务院正式批准建立的五个海洋自然保护区之一。1998年12月，经联合国教科文组织批准，南麂列岛加入联合国“人与生物圈”保护区网络。南麂列岛因其丰富的贝藻类资源而被称作“贝藻王国”，生活在潮间带中的贝类，是保护区的主要保护对象。

南麂列岛国家级自然保护区是1990年9月经中国国务院批准建立的中国首批5个国家级海洋类型自然保护区之一。1998年又成为中国最早纳入联合国教科文组织世界生物圈保护区网络的海洋类型自然保护区。

1999年，南麂保护区管理局被国土资源部、国家林业局、国家环保总局、国家科委等4部委评为全国自然保护区工作先进集体。

2005年，南麂列岛国家级自然保护区被《中国地理杂志》等全国二十三家媒体评为中国最美十大海岛之一。南麂保护区还拥有浙江省首个国家级科技兴海示范基地和国家级海钓基地等多张“国家级金名片”。同时，南麂列岛还是省级风景名胜区、省级海珍品养殖示范基地和省级科普教育基地。

2023年2月2日，2023年世界湿地日中国主场宣传活动消息，浙江温州平阳南麂列岛，被列入国际重要湿地名录，这也是除西溪湿地外，浙江省第二个世界级湿地。

南麂列岛国家级自然保护区远离大陆，海水清澈，含沙量低，海域底质以粉砂质粘土为主，海底地形自西向东南下倾，水深一般在15米到25米之间，南麂岛东北和西南两侧为深水通道，其水深在30米以上，最深处达45米。南麂岛为主岛，位于列岛中央，是一座优美的旅游岛屿，以风景秀丽和海洋生物种类丰富著称。周围多岛礁，最高点大山海拔229.1米。有大沙岙、火炬岙和马祖岙、国姓岙4个海湾，分置于东南和西北两个方向。

南麂列岛国家级自然保护区属亚热带海洋季风气候，全年气候比较温和，冬暖夏凉，年平均气温16.5℃。海域表层水温年平均为18.7℃，月平均水温8月份最高为27.8℃，2月份最低为9.6℃，年较差达18℃之多，极端最高水温32.1℃，极端最低水温5.7℃。

根据2004年5月至2005年2月南麂列岛海域的4个季节的调查数据共鉴定出浮游动物69种，隶属于6门12个类群，其中桡足类最多，占39.1%；可划分为5种生态类群，暖水性广布类群和暖温带近海类群为两种主要生态类群；出现优势种类15种，主要有中华哲水蚤、精致真刺水蚤和肥胖箭虫等，体现了自然保护区浮游动物的物种组成及其多样性。

南麂列岛位于浙江温州市平阳县东南海域，距鳌江港56千米，离台湾岛约150千米，区域总面积201.06平方千米，陆域面积11.3平方千米，由大小52个岛屿组成，该岛面积为7.64平方千米，岸线长24.8千米。其中海域面积为189.93平方公里，由大于500平方米的52个岛屿及周边海域组成。其中，核心面积8.04平方公里，缓冲区面积34.04平方公里，实验区面积158.98平方公里。

大沙岙是南麂列岛国家级自然保护区的中心景区，位于南麂列岛西南部，大沙岙景区由贝壳碎屑堆积而成的沙滩，是浙沪沿海一带理想的海滨浴场。大沙岙面对东海，三面环山，长达800余米，纵深达600余米，呈新月形。海沙又细又干净，湛蓝色的海水常年洁净透明。起风时，海浪有节奏地拍击沙滩，发出巨响。浴场两旁的岬角深入海中，自然环境幽雅秀丽，浴场淡水充足，滩地宽广，可同时容纳千人游泳。

三盘尾地形为低丘台地，形似串珠状，乱石相接，因海水淹没低处，小船可自由通行，各山岩便形成了独立的岛屿，故有“三盘”之称，三盘尾是南麂列岛国家级自然保护区自然景观中观望海景最佳之处。

南麂列岛国家级自然保护区以海洋贝、藻、鸟、水仙花为主要保护对象。其中黑叶马尾藻、头状马尾藻和浙江褐茸藻是在南麂列岛发现的海藻新种。

2011年7月，浙江温州南麂列岛国家海洋自然保护区管理局连续下发《关于将南麂边防派出所爱民固边模范岛创建工作纳入地方新农村建设规划活动的通知》等3个文件，明确将该所“爱民固边模范岛”创建工作纳入到南麂新农村建设总体规划。

2012年4月12日“中国海监7003”艇入列南麂保护区支队，是继“中国海监7071”艇和“中国海监7072”艇之后，的又一艘先进的海监艇，共同承担着保护区海域的资源保护和海监执法任务。海洋报讯保护区海监支队成立后，将依法查处保护区内的各种违法行为，有效遏制违法开发活动蔓延趋势，为加强海洋自然保护区的管理工作提供执法保障。

南麂列岛国家级自然保护区素有“贝藻王国”之美誉，也是中国海洋贝藻类的天然博物馆、基因库和“南种北移、北种南移”的引种过渡驯化基地。