卜奎沟也称卜奎河，属额尔古纳河水系，是伊图里河的一级支流，是伊图里河上源。

发源于大兴安岭山脉北段西北坡伊图里河林业局喀喇其林场卜奎工区北部牙克石市、根河市、鄂伦春自治旗三旗市交界处，海拔1140米，河长21公里，流域面积61平方公里，河宽5~10米，水深为0.3~1米，年结冰期约5~6个月，自东北向西南流，中游孕育了大面积湿地草甸，下游穿越S301省道、伊加铁路，在喀喇其卜奎工区南侧汇入伊图里河，大小支流共有十余条。

卜奎沟流域于2013年12月被国家林业局批准设立内蒙古伊图里河国家湿地公园（试点），受湿地管理部门保护。