国家卫生健康委员会法医学重点实验室是1999年经卫生部批准，并与公安部、最高人民法院联合共建的法医学实验室，该实验室依托于目前中国国内唯一的法医学国家重点学科。

1983年，西安交通大学根据教育部、公安部、卫生部、最高人民法院、最高人民检察院关于全国高等法医专业教育座谈会精神，教育部批准在西安交通大学设立法医学专业，建立法医学系，招收法医专业学生。此后教育部授权培养法医学硕士、博士，并一直担任着法医学的教学、科研、对外司法鉴定服务以及全国法医干部培训工作。

1996年，在教育部、公安部、卫生部、最高人民法院、最高人民检察院的支持下，在中国成立了首家法医学院，同时在全国公安、法院、检察系统中率先建立10个法医学教学基地。

1997年，经陕西省政府批准成为重点建设学科和重点实验室。

2000年，实验室建成后按照“开放、联合、流动、竞争”的机制运行，向中国国内外开放。

2001年，被批准成为中国唯一的法医学国家重点建设学科。

2007年，卫生部重点实验室评估中被评为优秀。

2020年11月20日至21日，由国家卫生与健康委员会法医学重点实验室主办，西安交通大学法医学院承办的“国家卫生与健康委员会法医学重点实验室（西安交通大学）2020年度学术研讨会”在中国西部科技创新港召开。

实验室建设以综合性研究型大学和法医学国家重点学科为依托，按照“省部共建、特色鲜明、交叉融合”的思路，围绕国家卫生、法制建设和区域发展的战略布局，系统探索法医科学面对的三大科学问题：法医基因组学与个体识别、法医毒品成瘾与易感人群识别、法医创新技术与数据证据化，积极推进政府、企业、大学、科研机构的大渠道互动，实现法医科学基础研究—技术开发—推广应用的高科技产业落地。为国家法制建设提供平台服务和技术支撑，把实验室建设成为聚集和培养优秀科研人才、开展高水平学术交流、拥有创新研究体系，满足国家安全、法制建设要求，服务地方经济发展的重要基地。