原位合成技术是一种制作基因芯片的方法，是原来用于电子芯片制作的光刻法转为核酸序列的合成技术。利用光罩控制反应位置，将核苷酸分子依序列一个一个接上去;可大量生产超高密度的芯片。由于制程与光罩成本等因素，这种方法做出的探针长度约在25-mer以下;因此同一个基因需要多个探针对应，以避免误判。

在生物基因工程领域，生物芯片制备中材料的固定方式主要包括原位合成法和点样法两种，点样法又分为接触式点样法和非接触式点样法。原位合成法主要用于基因芯片的制备，点样法可用于基因芯片和蛋白质芯片的制备。细胞芯片主要是通过细胞本身的贴壁生长来完成固定。