原位合成芯片是以美国 Affymetrix公司为代表制备的一类DNA芯片，采用显微光蚀刻等技术，在芯片的特定部位原位合成寡核苷酸而制成。

这种芯片的集成度较高，可达10万~40万点阵/平方厘米。但合成的寡核苷酸探针长度较短，一般为8~20个核苷酸残基（nucleotide, nt），最长为50 nt。因此，对于一般长度的基因，需使用多个相互重叠的探针片段进行检测，才能对基因进行准确地鉴定。虽然物理集成度高，但相对而言生物遗传信息的集成度受到影响。