厦门大学医学院是厦门大学的二级教学单位，1996年10月11日，经国家教育部批准，厦门大学医学院宣告成立。

1996年6月14日，国家教育委员会批复同意进行厦门大学医学院的筹建工作。10月11日，医学院及医学院董事会成立，院址暂设于基金楼。

1997年5月13日，厦门市人民政府决定厦门中山医院为医学院教学医院。

2001年1月3日，厦门市人民政府同意厦门中山医院加挂厦门大学医学院附属医院牌子。

2001年6月13日，厦门市人民政府明确厦门中山医院为医学院第一临床学院。

2002年2月26日，教育部批准设置生物工程与中医学（5年制）本科专业。11月22日，成立厦门大学生物医学工程研究中心。

2003年2月14日，厦门眼科中心、厦门市仙岳医院成为医学院教学医院。7月，生物医学工程成为福建省一级学科硕士点。

2004年3月3日，获批设置临床医学系、预防医学系、药学系和基础医学部。7月8日，海外教育学院中医系（始建于1956年）、生命科学学院福建省抗癌研究中心划归医学院建制。

2005年1月3日，厦门市第二医院、厦门市妇幼保健院、厦门市中医院、厦门市第一医院、厦门市疾病控制中心、厦门市药品检验所、厦门市星鲨集团成为医学院教学医院或教学基地。8月23日，厦门市人民政府同意将厦门中山医院作为厦门大学附属医院。

2005年11月23日，接受教育部本科教学工作专家组对学院全面的检查评估。

2006年4月，建立福建省生物医学工程重点实验室。

2006年6月7日，中国人民解放军175医院成为厦门大学附属东南医院；厦门眼科中心成为厦门大学附属厦门眼科中心。8月21日，招收首批留学生120名（实际到位67人）。

2007年7月，成立厦门大学眼科研究所、厦门大学器官移植研究所、厦门大学消化疾病研究所。

2007年8月3日，李氏基金给予厦门大学1000万元新币用于医学院建设。

2009年5月15日，世界针灸会联合会在学院设立世界针灸学会联合会教育基地和国际针灸水平考试分部。

2010年4月6日，厦门市第一医院成为厦门大学附属第一医院。6月20日，海峡（厦门）中医药科技平台揭牌。12月28日，中国人民解放军174医院成为厦门大学附属成功医院。

2011年4月，生物医学研究院神经退行性疾病与衰老研究中心整建制并入医学院。

2012年4月，福州市第二医院成为厦门大学附属福州第二医院。

2012年8月，医学院整体搬迁翔安校区。

2012年8月，附属眼科中心眼科、心脏中心心内科获“国家临床重点专科”。

2012年11月，医学院 “临床医学‘大医班’拔尖人才奖学金项目”、“临床医学贫困生助学金项目”获新加坡李氏基金专项资助，首期获捐450万元人民币。

2013年10月，通过教育部国际司组织的“在华留学生本科教育”检查认证。

2015年11月，通过教育部本科教学工作审核评估。

2021年9月，医学院成立妇产科学系与儿科学系。

截至2016年3月，学院下设临床医学系、中医学系、眼视光系、护理学系4个院系和1个教学部： 基础医学部，7家附属医院，开设4个本科专业。

截至2021年12月31日，学院有教职工268人，其中专任教师120人。专任教师队伍中，教授50人，副教授44人，助理教授26人，具有博士学位111人，具有海外一年以上留学经历78人。全年两批次共31位老师入选福建省高层次人才ABC项目，其中现有人才A类4人、引进人才A类1人；现有人才B类人才8人，引进人才B类1人；现有C类人才17人；9人入选厦门市高层次及骨干人才。此外，学院还聘有附属医院临床教师619人。

双聘院士：陈洪铎（中国工程院院士）、张运（中国工程院院士）、曾益新（中国科学院院士）、赵玉芬（中国科学院院士）

国家杰出青年科学基金获得者：许华曦、刘祖国、杨朝勇、张云武等

国家优秀青年基金获得者：周大旺

国家百千万人才工程：刘祖国

教育部“长江学者”特聘教授：刘祖国

福建省“闽江学者”：王效民、任建林、马建兴等

截至2016年3月，学院有国家级医学虚拟仿真实验教学中心1个，国家级“本科教学工程”大学生校外实践教育基地1个，卓越医生教育培养计划2个，福建省实验教学示范中心2个，省级精品课程5门。

国家级 “本科教学工程”大学生校外实践教育基地：附属中山医院临床技能综合培训中心

卓越医生教育培养计划：五年制临床医学人才培养模式改革试点、拔尖创新医学人才培养模式改革试点

国家基础学科人才培养基地：国家理科生物学基础科学研究与教学人才培养基地；国家生命科学与技术人才培养基地

国家级虚拟仿真实验教学中心：国家级医学虚拟仿真实验教学中心

福建省实验教学示范中心：福建省基础医学实验教学示范中心、福建省药学实验教学示范中心

省级精品课程：

截至2016年3月，学院有3个一级学科硕士点和1个博士点，国家级重点学科3个，福建省重点学科3个。

国家级重点学科：动物学、细胞生物学、水生生物学

福建省重点学科：生物医学工程、基础医学、临床医学

博士后科研流动站：生物学

一级学科博士点：生理学

一级学科硕士点：临床医学、基础医学、中医学

截至2013年11月，学院与美国、加拿大、德国、新加坡和台湾等国家及地区的科研机构建立合作关系。邀请包括诺贝尔化学奖得主Aaron Ciechanover教授和诺贝尔生理学或医学奖得主Bruce Beutler教授在内的多位国际知名学者曾先后到学院讲学。学院先后主办或承办“Wnt Signaling, Organogenesis, and Stem Cells”国际会议、第一届厦门冬季学术会议等国际和全国性学术会议32次。

截至2016年3月，学院有省部级医学平台11个，市校级科技平台37个，有国家重点实验室1个，国家工程技术研究中心1个，福建省工程重点实验室5个，福建省工程技术研究中心2个，厦门市重点实验室1个，厦门市工程技术研究中心1个，高等学校学科创新引智计划基地1个。

根据2017年3月学院官网信息显示，学院共获国家“863计划”、“973计划”课题及省部级重大科研项目70余项；科研成果获奖总数300余项，其中国家科技进步二等奖2项、省部级各类科研奖项109项、中华医学二等奖1项，发表SCI收录论文400余篇。

2010年，学院在国家自然科学基金申报有28个项目获批资助，资助经费达790.5万元。其中面上项目21项，资助金额650.5万，青年科学基金项目7项，资助金额140万。

释义：1、外圆沿用厦门大学校徽，表明医学院诞生和成长在这一综合性大学的土壤上

2、蛇杖国际通用医学标志,在西腊神话中象征神奇的医术和中立的医德

3、内圆五星金、木、水、火、土

4、丰满的翅膀表示：医学院莘莘学子，志向远大，展翅翱翔，更寓意厦门大学医学院各项事业展翅腾飞，医学发展普济世人

5、1996与展开的卷轴：医学院成立于1996年，以此为时间基点，书写无限篇章。

根据2016年6月学院官网显示，学院举办了师生乒乓球联谊赛、体育俱乐部首届班级篮球对抗赛等活动，组织学生参加了福建省大学生创业大赛、厦门大学学生辩论赛、厦门大学“创青春”创业大赛等比赛。