厦门大学国际关系学院成立于2006年12月，它是在南洋研究院基础上组建而成。南洋研究院（前身南洋研究所）创办于 1956 年，是我国最早设立的东南亚研究机构，也是我国最早设立的国际问题研究机构之一。1996年，由研究所升格为研究院。随后，南洋研究院成为国家“
211工程”建设子项目的机构。2000年9月，在此基础上组建的
厦门大学东南亚研究中心被教育部批准为
人文社会科学重点研究基地。2004年11月，研究院入选国家“
985工程”
哲学社会科学创新基地。
学院现设国际关系系、侨务与外交系共2个系，东南亚经济研究所、亚太国际关系研究所、中外关系史与华侨华人研究所等3个研究所，拥有1个国家“211工程”建设子项目、1个国家“985工程”哲学社会科学创新基地、1个教育部人文社会科学重点研究基地-厦门大学东南亚研究中心、1个教育部区域与国别研究培育基地-厦门大学东盟研究中心、3个教育部国别与区域研究中心备案中-厦门大学马来西亚研究所、厦门大学印度尼西亚研究中心和厦门大学新加坡研究中心、1个福建省高校特色智库“一带一路”与东南亚研究院、《
南洋问题研究》和《
南洋资料译丛》编辑部、及两个校批研究机构——厦门大学马来西亚研究所、厦门大学苏氏东南亚研究中心。此外，还是中国东南亚研究会、福建省东南亚学会、教育部社会科学委员会综合研究学部（含国际问题、港澳侨台、交叉学科）的秘书处单位。
学院现有2个本科专业（国际政治、外交学），3个硕士点（国际关系、世界经济、中国史）和4个博士点（国际关系、政治学理论、世界经济、世界史）；学院还与厦大公共事务学院、台湾研究院共同设立了政治学博士后科研流动站，与人文学院共同设立了世界历史博士后科研流动站。此外，学院还拥有1个福建省重点学科——“东南亚研究”。
截至2018年12月，学院现有在职教师32人，其中教授7人，副教授15人，具有博士学位的教师占比100%；副教授以上职务的教师占比68.75%，45岁以下青年教师15人，占比46.88%；教师中留学回国人员22人，占比68.75%。