厦门大学宗教学研究所成立于1998年12月，为
厦门大学人文学院下辖的研究机构之一。“文化大革命”以前，尽管存在着许多困难，但该校的宗教学研究依然保存了“火种”。著名学者
朱天顺教授先后撰写了《原始宗教》等书。“文革”之后，他又撰写了《中国古代宗教初探》以及关于“妈祖文化研究”的诸多著作，在“道教与民间信仰”关系研究方面取得了比较突出的成果。
1998年12月，经过校务会议批准，厦门大学成立了宗教学研究所。多年来，本所在各级领导的关心下，在海内外热心朋友的支持帮助下，逐步发展。目前，厦门大学宗教学研究所以卿希泰教授、陈支平教授为名誉所长，詹石窗教授为所长。经过多年的建设，本所的研究队伍逐步加强，现有教授和兼职教授8人，副教授6人，讲师及助研4人。
（1）中国道教文化；（2）中国佛教文化；（3）中国民间宗教；（4）宗教学基本理论与当代宗教研究。（5）台湾宗教与海外华人华侨宗教信仰。此外，本所在天主教、伊斯兰教研究方面也做了一些工作。
研究生教育。本所现有宗教学专业硕士学位授予权。另外，本所还依托中国哲学专业招收有关“道家道教哲学研究”、“佛教哲学研究”的研究生。5年来共招硕士研究生20多名；其中，台湾生4名（已毕业1名）。2000年开始，厦门大学获得科技哲学专业博士授予权。本所在中国宗教与科技方向可以招收博士研究生，第一批博士生2名（其中1名为越南籍），于
2002年9月入学。第二批博士生共4名，于2003年9月入学。此外，哲学系于2003年获得中国哲学专业博士授予权，目前宗教学研究所也招收中国哲学专业道教文化、佛教哲学方面的博士研究生共3名，宗教学专业硕士生4名。
学术研究工作。本所坚持实事求是的科学精神，开展宗教思想史的学术研究工作。先后主持国家社会科学基金课题3项，教育部与省级社会科学基金项目7项。承担了教育部“十五规划”统编重点教材《中国宗教通论》的编写任务。先后出版了《易学与道教思想关系研究》、《易文化传统与民族思维方式》、《道教文化新典》、《道教医学》、《黄檗禅哲学思想研究》等20余部论著，发表了《道教艺术的符号象征》等200多篇论文，其中在《中国社会科学》、《哲学研究》《中国哲学史》《世界宗教研究》等权威刊物上发表的有20多篇。
为了推动学术研究，培养高水平人才。本所在台湾“中华道教总会”、 “雄保实业股份有限公司”的大力支持下，先后设立了“道文奖学、奖教金”、以奖励热心于道家、道教文化的学习、研究为主的研究生、本科生；同时也支持那些品学兼优家境相对困难的哲学系学生。