厦门大学教育研究院创于1978年5月27日，原称高等教育科学研究室，1984年2月经教育部批准改所并下达编制指标，改称厦门大学高等教育科学研究所，是中国最早成立的以高等教育为研究对象的专门机构。

厦门大学于1921年建校，初设师范部和教育学部。30年代，厦门大学曾经成立教育学院，设有教育原理学系、教育行政学系、教育心理学系、教育方法学系等四系，后又合并为教育学系，曾有一大批全国著名的教育学家在厦门大学任教。1953年院系调整时改设教育学教研室。

厦门大学教育研究院创于1978年5月27日，原称高等教育科学研究室，1984年2月经教育部批准改所并下达编制指标，改称厦门大学高等教育科学研究所，是中国最早成立的以高等教育为研究对象的专门机构。2000年1月以厦门大学高等教育科学研究所为基础，组建成立了厦门大学高等教育发展研究中心，并于2000年9月5日成为教育部人文社科重点科研基地之一，2004年高教中心通过教育部第一期基地建设检收，进入第二期基地建设，现设有以潘懋元教授和顾明远教授为首的学术委员会，现任基地主任为谢作栩教授，副主任为史秋衡教授，下设三个研究室。

在本中心学科建设的推动下，继1988年第一次入选后，厦门大学教育研究院高等教育学学科于2002年再次连续入选为全国高等学校重点学科。2003年10月，经国家人事部和全国博士后管委会批准，厦门大学教育研究院设立教育学博士后科研流动站。2004年底，厦门大学教育研究院设立国家“985工程” “中国特色高等教育体系”哲学社会科学创新基地，成为全国2个教育类“985工程”哲社创新基地之一。2006年1月，经国务院学位委员会第二十二次会议批准，厦门大学教育研究院新增教育史和教育经济与管理（隶属公共管理一级学科）2个博士学位授权学科，获教育学硕士学位授权一级学科，新增发展与教育心理学硕士学位授权学科。

本中心的主要任务是研究中国和世界高等教育的理论与发展动态，研究中国高等教育管理问题，研究青年心理，建立与发展高等教育学科和青年心理学科；培养高等教育、高等教育管理、青年心理的理论工作者和实际工作者；积极促进教育学、心理学领域的国内外学术交流，积极推动和组织全国高等教育研究活动，为中国和世界的高等教育发展和学科建设作出贡献。