厦门市农业农村局，是将市农业局(市委农村工作领导小组办公室)的职责，以及市发展和改革委员会的农业投资项目、市财政局的农业综合开发项目、市国土资源与房产管理局的农田整治项目、市水利局的农田水利建设项目等管理职责整合组建的，作为市政府工作部门，副厅级。

2012年6月，经市委机构编制委员会审核，报市委、市政府批准，设立厦门市农业局，为市人民政府工作部门，与中共厦门市委农村工作领导小组办公室合署办公，副厅级。

2012年7月，根据《关于调整厦门市部分党政机构设置的通知》精神，“厦门市农业与林业局”更名为“厦门市农业局”，与市委农村工作领导小组办公室合署办公。

2019年3月，根据《厦门市市级机构改革实施方案》，将市农业局(市委农村工作领导小组办公室)除移民管理外的职责，以及市发展和改革委员会的农业投资项目、市财政局的农业综合开发项目、市国土资源与房产管理局的农田整治项目、市水利局的农田水利建设项目等管理职责整合，组建厦门市农业农村局，作为市人民政府工作部门，为副厅级。市委农村工作领导小组办公室设在市农业农村局。不再保留市农业局。

2024年1月，根据《厦门市市级机构改革实施方案》，重新组建市农业农村局。

（一）贯彻落实党在农村的基本政策和国家有关农业的法律法规；拟订全市农村、农业产业政策和法规；参与制定农村经济和社会、农业发展战略和中长期发展规划，社会主义新农村建设规划、小康建设规划和扶持经济薄弱村开发计划。

（二）承担市委农村工作领导小组的日常工作；开展“三农”（农业、农村、农民）重大问题的调查研究，提出深化农村经济体制改革的意见，供市委、市政府决策参考；指导基层农村、农业部门开展工作。

（三）指导农民建立和实施多元化增收机制；协助抓好农村劳动力培训和转移就业；推进农业产业化经营，负责农业产业化龙头企业的指导、协调、服务与政策扶持工作。

（四）指导城乡统筹协调发展；协调解决被征地农民的生产、生活出路；落实被征地农民的预留发展用地，推动实施农村“金包银”工程。

（五）指导社会主义新农村建设和小康建设；负责抓好全市农村的“旧村改造、新村建设”；配合抓好农村通道路、通水、通有线、通公交等工作；落实边远山区和水源保护区实施移民造福工程。

（六）指导推动农村城市化建设；指导农村村镇建设、小城镇建设；配合抓好农村基层组织建设和镇村干部队伍建设；指导农村乡镇体制改革。

（七）指导农村服务热线和服务网站平台建设；配合指导农村精神文明建设。

（八）指导农业社会化服务体系建设和农村集体经济组织、合作经济组织建设；指导、监督减轻农民负担和耕地使用权流转工作；指导镇、村集体经济组织的财务管理和审计工作；指导农村承包合同的管理；指导农机化管理工作。

（九）组织实施农业现代化、产业化规划；引导农业、农村产业结构调整和农业资源的合理配置；预测并发布全市农业各产业产品及农业生产资料供求情况等农村经济信息。

（十）组织农业资源区划、生态农业和农业可持续发展工作；组织农田改造和保护工作；指导农村可再生能源的开发利用以及农业生物物种资源的保护和管理。

（十一）贯彻农业科研、教育、技术推广的方针政策；实施科教兴农战略，协助开展科技、文化、卫生、法律“四下乡”活动；组织农业科研成果、新品种、新技术的引进、试验、示范推广与管理；配合做好农业科技人才、农民教育、农业职业技能开发工作；组织对农业科技人员的继续教育工作；指导、培育农业合作组织、专业协会（学会）和中介组织建设。

（十二）执行主管产业的国家、行业和地方标准；组织实施无公害农产品、绿色食品等农产品的质量鉴定、监督管理和植物新品种的保护工作；主管全市动植物对内检疫、防疫和兽医管理、兽药监察以及种子、种苗、农药、化肥等质量的监测、鉴定、执法监督管理，以及饲料、饲料添加剂的管理工作；组织、监督对全市动植物的防疫、检疫工作，发布疫情并组织扑灭。

（十三）承办农业和农村经济社会涉外涉台事务和国际经济、技术交流与合作；参与研究制定厦台农业和农村经济社会合作有关政策、规划，并组织实施；负责农业和农村经济社会发展项目招商引资和内联工作；指导与省内农村的山海协作和对口帮扶。

（十四）承办市委、市政府交办的其他事项。

（一）办公室

（二）综合规划处（市委农办秘书处）

（三）政策法规与改革处

（四）乡村产业发展处

（五）农村社会事业促进处

（六）农村合作经济指导处

（七）市场与信息化处

（八）科教外经处

（九）农产品质量安全监管处

（十）种植业管理处

（十一）畜牧兽医处

（十二）农田建设管理处

（十三）人事处

（十四）直属党委

厦门市农业农村局党组书记、局长，市乡村振兴局局长，市水利局局长：王伟文

厦门市农业农村局党组成员、副局长：周光明

厦门市农业农村局党组成员、副局长，市河长制办公室专职副主任：康永滨

厦门市农业农村局党组成员、副局长：林明

厦门市农业农村局党组成员、副局长：黄涛

厦门市农业农村局党组成员、副局长：陈开斌

厦门市农业农村局党组成员，驻局纪检监察组组长：盛立德

厦门市农业农村局副局长：洪志伟

2020年4月28日，厦门市农业农村局科教外经处被中共厦门市委、厦门市人民政府授予“厦门市招商引资工作先进集体”称号。