在利用基因融合所构建的大的酶分子中，用以构成融合蛋白的各个酶分子的整个编码序列均保留于新的酶分子中，则融合蛋白一般均保留所构成的酶分子各自的酶活性。并且发现在这些新构建的融合蛋白中，蛋白的正确折叠以及各个酶的活性部位均未受到影响，与单个酶相比，融合蛋白的酶的比活力为50%-100%，该类酶叫做双功能酶。

对于催化连续反应的两种或几种酶， 利用基因融合的方法构成的融合蛋白可产生“ 邻近效应”。研究发现， β-半乳糖苷酶-半乳糖脱氢酶融合蛋白在一定条件下，其偶联反应产生 NADH 的速度是同时加入这两种酶的反应速度的两倍以上。同时过渡态时间缩短近四倍。