双慈亭庙观为三殿式，前殿供奉天上圣母，後殿主祀观音佛祖，前後两殿以韦驮殿连接在一起。此外，庙内保有多幅极具历史的匾额、对联及石碑，除
同治七年（西元1868年）的「风引帆回」匾及同治十一年（西元1872年）的「寰瀛覆冒」匾外，其余都是光绪年间遗下的匾额，如分别在光绪元年（西元1875年）及光绪十五年（西元1889年）所留存的「慈航普渡」匾、光绪七年（西元1881年）的「海天活佛」匾、光绪十二年（西元1887年）的「大德参天」匾、光绪十五年（西元1889年）的「恩重再生」匾等；而前殿悬挂二幅木刻的对联则是嘉庆和道光年间遗留；以及左厢房外壁上还嵌有道光八年（西元1828年）所立的「重修双慈亭」碑和乾隆十八年（西元1753年）的石锣鼓等，都是极具历史保存价值的古物，也证明双慈亭的历史久远。