反向疫苗学（Reverse vaccinology）是从全
基因水平来筛选具有保护性
免疫反应的候选抗原的疫苗发展策略。它以微生物基因组为平台，对毒力因子、外膜抗原、侵袭及毒力相关抗原等蛋白基因进行高通量克隆、表达，纯化出重组蛋白。然后，再对纯化后的抗原进行体内、体外评价，筛选出保护性抗原，进行疫苗研究。
最早进行反向疫苗研究的是B型
脑膜炎球菌（meningococcus B）。先用计算机分析B型脑膜炎球菌的基因组，找到600个潜在的疫苗候补，将其中350个在
大肠杆菌中进行表达，然后将蛋白提纯用于免疫小鼠，其中找到29个蛋白能诱导小鼠产生抗体，从而达到预防免疫的作用。
第一，便捷，整个过程从分析基因组序列开始，不需要培养微生物。第二，宽泛，基于将所有的蛋白质看做是潜在的具有免疫原性的思路，整个过程从芯片法分析基因组序列开始，适用于所有微生物所有微生物疫苗的研究。第三，安全，可以对一些危险的病原微生物进行操作，避免病原微生物的扩散。第四，病原在不同时期和环境表达的蛋白质抗原都会被分析用来作为候选抗原，即使在对微生物的致病机理和免疫应答了解不多的情况下也可运用。