对法国启蒙运动及其在欧洲各国的盟军和弟子的核心观念的抵抗，与这场运动本身一样古老。宣扬理性的自律性和以观察为基础的自然科学方法是唯一可靠的求知方式，从而否定宗教启示的权威，否定神学经典及其公认的解释者，否定传统、各种清规戒律和一切来自非理性的、先验的知识形式的权威，自然会受到教会和众多派别中的宗教思想家的反对。
牛顿物理学在无生命的自然王国里连连获胜，人们相信，和它相似的方法，也可同样成功地用于几乎没有多少进步可言的伦理学、政治学以及一般人类关系的领域。一旦这种方法生效，不合理的、压迫人的法律制度及经济政策就会被一扫而光，取而代之的理性统治将把人们从政治和道德的不公正及苦难中解救出来，使他们踏上通往智慧、幸福和美德的大道。始终存在着一种反对这种观点的学说，它可以上溯到古希腊智者学派的普罗泰哥拉、安提丰和克里蒂亚斯，认为包含着价值判断的信念和以此为基础的各种制度，并不取决于对客观不变的自然事实的发现，而是取决于人类的意见，后者是可变的，会随着社会和时代的不同而不同；道德和政治价值，尤其是正义和一般社会安排，都是建立在变动不定的人类信仰上。亚里士多德引用过的一位智者对此做了总结，他宣称，此地和波斯都有火在燃烧，但人类的制度就在我们眼前发生着变化。因此似乎可以说，在人类事务方面，原则上不可能用科学方法确定普遍真理，即无论处在什么时代。什么地方的任何人，都能使用正确的方法加以证实的真理。
这种传统在十六世纪的怀疑论者科尔内里乌斯·阿格里帕。蒙田和沙朗的作品中得到了有力的重申，他们的影响又可在伊丽莎白和詹姆斯一世时代的思想家和诗人的感情中找到。这种怀疑主义也帮助了这样一些人，他们否定自然科学或其他普遍理性方案的主张，宣扬维护纯洁的信仰，例如那些伟大的新教改革家和他们的追随者，以及罗马教会的冉森派。存在着一个单一的、通过逻辑演绎得出的结论的严密体系，它是运用普遍正确的思维原则的结果，并且是建立在小心筛选出的观察或实验数据上--这种理性主义的信念，被从博丹到蒙田等有社会学头脑的思想家进一步动摇。这些作家既利用历史的证据，也利用在亚洲和美洲等新大陆的旅行和探索所提供的新文献，强调人类风俗的多样性，特别是不同的自然因素，具体而言是地理因素，对不同的人类社会发展造成的影响，它们导致了制度和世界观的不同，而这又造成了信仰和行为的巨大差别。大卫·休漠的革命性学说，尤其是他证明了事实真理同逻辑或数学中的先验真理之间不存在逻辑关系，也大大强化了这种观点。休漠的这些思想有可能使某些人的希望破灭，他们在笛卡尔及其追随者的影响下，认为能够根据任何经验都无法驳倒或改变的普遍正确的公式，通过一系列严密的逻辑论证步骤，建立起一个包罗万象、能够解答一切问题的单一知识体系。
然而，人类价值或对包括历史事实在内的社会事实的解释的相对性，不管多么深地进入了这些社会思想家的头脑，他们仍保留着一种共同的核心信念，即所有时代的所有人的终极目标，其实是一样的：人人都追求基本的物质和生理需要的满足，譬如食物、住所、安全，以及和平、幸福、正义、个人天赋的和谐发展，真理，甚至包括更含糊不清的美德、道德完善以及罗马人所谓的高贵人格。气候冷暖，山地国家和平原国家的差别，可能会使手段有异，只要不是强求一致，适合所有情况的普遍公式就不存在，然而终极目标本质上却是一样的。这一类有影响的作家，如伏尔泰、达朗贝尔和孔多塞，都相信艺术和科学的发展是人类达到这些目标最强大的武器，也是反对无知、迷信。空想、压迫和野蛮制度--它们束缚人类的努力，阻挠人们追求真理和理性的自我定向--最锐利的武器。相反，卢梭和马布利相信，文明的制度本身就是使人类腐败，脱离自然和内心单纯，脱离符合自然正义、社会平等以及自发人类感情的生活的一个主因；矫揉造作的人囚禁、奴役和败坏了自然人。但是，尽管有这些深刻的观点分歧，在某些重要的问题上却存在着广泛的一致：自然法（不再是以正统的天主教或新教教义的语言加以阐述）和永恒原理的真实性，只有遵守它们，人们才能够变得聪明、幸福和自由。一组普遍而不变的原则支配着世界，有神论者、自然神论者和无神论者，乐观主义者和悲观主义者，清教徒和原始主义者，相信进步以及科学和文化最丰硕成果的人，莫不如此认为。这些规律既支配着无生命的自然，也支配着有生命的自然，支配着事实和事件、手段和目的、私生活和公共生活，支配着所有的社会、时代和文明；只要一背离它们，人类就会陷人犯罪、邪恶和悲惨的境地。思想家们对这些规律是什么、如何发现它们或谁有资格阐述它们也许会有分歧；但是，这些规律是真实的，是可以获知的（或者是十分确定，或者只是极有可能）--这仍然是整个启蒙运动的基本信条。而对它的攻击，则是对这种主导信仰体系最可怕的反对。
在这场反对运动中可能发挥过决定性作用的一位思想家，是拿波里的哲学家吉安巴蒂斯塔·维柯。他以不同寻常的原创精神，特别是在他的最后一部著作《新科学》中坚信，笛卡尔主义者认为数学有着科学之科学的地位，是犯下了一个严重的错误；数学具有确定性，仅仅是因为它乃人类的发明。它并不像他们设想的那样，与实在的客观结构相～致；它只是一种方法，而不是一个真理体系；借助于它，我们能够探明规律--外部世界现象的发生--但并不能发现它们为何那样发生或为什么目的而发生。这是只有上帝才能知道的事情，因为只有事物的制造者，才真正了解它们是什么以及它们是为什么目的而被制造。因此，从这个意义上说，我们并不了解外部世界--自然--因为它不是我们制造的；只有创造了它的上帝才了解它。不过，由于人直接拥有人类的动机、意图、希望和恐惧，这是他们自己的东西，因此他们能够认识人类的事务，正如他们不能认识自然一样。
按维柯的观点，我们的生活和活动，不管是集体的还是个人的，反映着我们为求生存、为满足我们的各种欲望、为相互理解并理解我们自己的过去所做的努力。对最基本的人类活动的功利主义解释是错误的。首先，它们是纯粹表现性的；唱歌跳舞，祭拜神抵，言谈和战斗，以及使这些活动得以实现的各种制度，构成了一种世界观。语言、宗教仪式、神话、法律、各种社会、宗教和司法制度，都是自我表达、希望表明人是什么以及追求什么的不同形式；它们遵循着可以理解的模式，因此，再现另一些社会的生活，甚至在时空上相距遥远的社会的生活，是可能的，只要我们问一下自己，什么样的观念、感情和行动架构能够产生诗歌、纪念物和神话。人们的成长包括个性和社会性两个方面；产生了荷马史诗的社会，与上帝通过他们的圣典向他们说话的希伯来人的社会，或罗马共和国的社会、中世纪的基督教社会、波旁家族统治下的那不勒斯城，显然是大不相同的。成长的模式有迹可寻。
维柯的那些并不系统的著作还讨论了其他许多主题，不过他在启蒙运动史中的重要性，在于他坚持文化的多样性，从而也坚信以下观点的虚幻：实在只有一种结构，睿智的哲学家能够认识到它的真实面目，并能用完美的逻辑语言描述它--从柏拉图到莱布尼茨和孔狄亚克，再到罗素及其更有信心的追随者，都被这种观点所迷惑、在维柯看来，人们提出有关宇宙的不同问题，并做出他们相应的回答：这些问题，以及表达它们的符号和行为，在文化发展的过程中变化着并逐渐变得过时。为了理解这些回答，人们必须先理解一个时代或一种文化最关心的问题；它们并非一成不变，也不会因为它们和那些我们不熟悉的问题相比同我们自己的问题较为相似而更加深刻。维柯的相对性比孟德斯鸠的走得更远。倘若他的观点是正确的，他便不仅从实践而且从原则上推翻了绝对真理和建立于其上的完美社会的观点。然而，维柯的著作几乎无人问津，在他的《新科学》于写成一百年后被米什莱复活之前，他究竟有多大影响，是个难以确定的问题。
如果说维柯只想撼动他那个时代的启蒙运动的支柱，柯尼斯堡的神学家和哲学家J．G．哈曼则是要摧毁它们。哈曼幼年受到虔信派信徒的教育，该派是路德教各派中最注重内省和自我得救的一派，他们希望让个人的灵魂直接同上帝为伴，强烈反对理性主义，易于陷人感情极端，最关心的是道德义务的刻板要求和严格自律的需要。十八世纪中叶，腓特烈大蒂试图把法国文化和军事、经济和社会方面一定程度的理性化，引人东普鲁士这片他的属地中最落后的地方，结果在这个虔诚的、半封建的传统普鲁士社会（这里也诞生了赫尔德和康德）激起了特别猛烈的反抗。哈曼最初是启蒙运动的信徒，但是在经历了一次深刻的精神危机之后，他转而反对这场运动，发表了一系列论战文章，它们风格怪诞，充满奇异的影射和古怪的想法，故意语焉不详。他尽量让自己与法国那些冷漠而傲慢的思想和情趣的独裁者们保持距离，因为在他看来，他们的优雅、明晰、流畅而肤浅的风格是可憎的。哈曼的观点是建立在这样一种信念上：所有真理都是特殊的而非普遍的：理性没有能力证明任何事物的存在，它只是一个方便分类和组织材料的工具，但它所根据的模式与实在并不一致；所谓理解，就是同人或上帝交流。对他来说，就像对于更古老的日耳曼神秘传统一样，宇宙本身就是一种语言。万事万物，植物和动物，都是上帝同他的创造物进行交流的符号。一切都取决于信仰；信仰就像感官一样，是获知实在的一种基本官能。阅读《圣经》就是倾听上帝的声音，他用一种他恩赐于人类的、他们能够理解的语言说话。有些人具备理解他的方式和观察宇宙的天赋，而宇宙和《圣经》、教会中的神父和圣徒的启示一样，就是上帝的一本启示录。只有对人或物的爱，能够揭示万物的真实本质。爱公式，爱普遍命题和定律，爱科学或庞大的概念和范畴体系中的抽象观念，是不可能的，这些符号过于一般，无法接近实在。而法国的启蒙者们却用它们遮蔽了自己的眼睛，看不到具体的现实，看不到只能由直接获取、尤其是通过感官获取的真实经验。
一个民族的歌谣、史诗、神话、庙宇和风尚，他们的衣着样式，他们所使用的语言，其作者是谁？是这个民族本身，是从他们的全部所作所为中流淌出的整个灵魂。最野蛮的行为，莫过于无视或践踏一种文化的遗产。所以赫尔德谴责罗马人摧残土著文明，也谴责教会（尽管事实上他本人是个路德派修士）强迫波罗的海人民皈依教会，强迫他们适应与他们的自然传统格格不入的基督教模式，他还谴责英国的传教士对印度人和亚洲其他居民采取这种做法，由于把外来的社会制度、宗教、教育形式强加于他们，而这些不属于他们的东西只会使他们偏离自然的发展，结果使他们精致的本土文化遭到了粗暴的破坏。赫尔德并不是一个民族主义者：他认为不同的文化，就像是人类大花园里众多和睦相处的鲜花，能够也应当共存共荣。不过，在他对空洞的世界主义和普遍主义的猛烈攻击（他也以此谴责法国的哲人们）中，无疑存在着民族主义的种子；它在十九世纪他那些好斗的弟子中间迅速成长壮大。
雅各比，一个深受哈曼影响的神秘主义形而上学家，无法调和灵魂与理智的不同要求：哦心中充满光明：只要我想把它传递给理智，它便消失了。在他看来，斯宾诺莎是自柏拉图以来理性主义宇宙观最伟大的导师；但是他认为，这种观点是生命中的死神：它无法解答灵魂的紧迫问题，在一个冷漠的理智世界上漂泊无依的灵魂，只有主动服从于对一个超验上帝的信仰，才能解决自己的问题。
谢林大概是所有这类哲学家中最具辩才的一位，他们把宇宙看做一种原始的、非理性的力量自我展现的过程，只有那些具有天才想象力的人--诗人、哲学家、神学家或政治家--能够用直觉的力量把握这种力量。自然是个鲜活的有机体，它对天才人物提出的问题给予回答，而天才人物也对自然提出的问题的给予回答，因为两者之间息息相通。具有想象力的眼光，不管是谁的--艺术家的、预言者的、思想家的--逐渐意识到了未来的轮廓，这是自然科学家和政治家或任何经验主义者仅仅工于计算的理智和分析能力所认识不到的。这种对特殊的、本能的和精神的能力的信念，虽有不同的名称--理性、理解力和原始想象力，但是它与启蒙运动所赞成的批判分析的理性总是有所不同，它同分析的能力或方法--进行收集、分类、试验、循序渐进、重新组织、定义、归纳和确定概率--对立起来，后来变成了一种被众多思想家所接受的常识，如费希特、黑格尔、华兹华斯、柯勒律治、歌德、卡莱尔、叔本华和十九世纪另一些反理性主义思想家，井在柏格森和后来的反实证主义学派那里达到顶峰。
德国浪漫主义者中最华而不实的人，诺瓦利斯或蒂克，不是把宇宙视为一个能够用最恰当的方法进行研究和描述的结构，而是视为一种精神和自然的永恒运动，一种处在睡眠状态的同一精神；天才人物是最能意识到这种不断向上的运动的人，因此他代表着推动最有意义的精神生活的进步活动。有些人，如谢林和柯勒律治，认为这种活动将逐渐发展成对世界精神的一种自我意识；另一些人则认为宇宙的进程并无目的，只是一种无目标无意义的运动。人们由于无法正视这个阴暗和令人绝望的真理，便试图掩盖它，因此创立了一些令人惬意的幻觉，即向人许诺来世回报的各种形式的宗教，或是一些形而上学体系，它们声称能给世界万物以及人们的所为、能为和应为之事，提供合理的根据；或是一些科学理论，其作用在于使事实上既无目的也无一定之规，只能是那个样子，只能是单纯的事实而没有任何其他含义的事物之流，变得有意义。这种由叔本华阐述的学说，为现代存在主义，为艺术和思想领域中的荒诞表现的培育，以及为唯我论的无政府主义极端思想，奠定了基础；把后者推进得最远的是施蒂纳、尼采（在他的某些情绪中）、克尔凯郭尔（哈曼的最杰出、最深刻的门徒）和现代的非理性主义者。
整个启蒙运动的共同特点是，它否定基督教的原罪说这一核心教条，代之以这样的信念：人之初天真无邪而又善良，或在道德上中立，有可能由教育或环境加以塑造，或者往最坏处说，人虽有严重缺陷，仍能通过与环境相配合的合理教育，或通过譬如说卢梭所要求的那种对社会的革命性改造，得到极大的改善。在卢梭的《爱弥儿》中，受到教会最严厉谴责的，正是这种对原罪说的否定，虽然它也攻击唯物主义、功利主义和无神论。对这种圣保罗和奥古斯丁学说的有力重申，在十八和十九世纪之交的法国反革命作家--如德·迈斯特、博纳尔和夏多布里昂--对启蒙运动斩草除根式的攻击中，成为他们手中一件最锐利的武器。
哲人们打算发明普遍适用的语言，清除其中非理性的残余和转弯抹角的特殊用语，以此使交流理性化。他们的成功之日，也就是灾难降临之时。因为属于一个民族的语言，正是在其独特的历史发展中，吸收、包容和保存了半自觉、半有记忆的集体经验的巨大财富。被人们称为迷信和偏见的东西，不过是习俗的外壳，它的绝对生存能力，已经证明它能够在其漫长的生命中抵御各种破坏和变迁。失去它，也就失去了保护人们的民族生活、他们的精神、他们的习惯、记忆和信仰的屏障；而正是这些东西使他们成为他们自己。激进的批评家大力宣扬并赖以建造其纸牌楼阁的人性观，不过是一种幼稚的幻想。卢梭问，生而自由的人，却为何无往而不在枷锁中；迈斯特则说，人们也可以问，为何生而注定要成为盘中餐的羊，却仍在四处吃草。人并非为自由而生，也不是为和平而生。他们拥有这种自由和和平，是因为他们受着聪明的威权主义政府的统治，它镇压破坏性的批判理性及其分裂社会的作用。科学家、知识分子、律师、记者、民主派、冉森派、新教徒、犹太人、无神论者，统统是腐蚀社会活力的不眠的敌人。迄今为止世上最好的政府，就是罗马人的政府：他们太聪明，因此不可能让自己成为科学家，他们雇用精明善变但政治上无能的希腊人。主宰着人和社会的，不是清明的理智，而是黑暗的本能。只有深谙此道的精英，使人们远离注定会使他们有过多批判精神和不满的过于世俗化的教育，才能使他们在这个泪如江河的世界上，得到他们所能够期待的最多的幸福、正义和自由。但是，必须在一切事情的背后埋伏下暴力和强制的潜能。
这些沉闷的学说，在法国变成了鼓吹君主制政治的灵感之源，并且和浪漫的英雄主义观念，以及在创造性和无创造性。历史和非历史的个人及民族之间所做的明确划分一起，大大助长了民族主义和帝国主义，最后则是它最野蛮最病态的形式--二十世纪的法西斯主义和极权主义学说。 法国大革命未能实现它所宣布的大部分目标，标志着法国启蒙运动作为一种运动和思想体系的终结。它的继承人，以及在一定程度上由他们所激起又受着他们影响的反对运动，亦即各种浪漫主义的、非理性的信条和运动--政治的、美学的、暴力的、和平的、个人主义的和集体主义的，无政府主义的和极权主义的--及其影响，则属于历史的另一页了。