反弹道导弹系统的工作过程是：探测跟踪分系统搜索敌方发射的弹道导弹，发现目标后立即发出预警并继续跟踪，同时将跟踪数据传送至指挥控制分系统；指挥控制分系统对接收的数据进行处理，生成作战数据并传送到作战武器分系统；作战武器分系统利用这些数据对来袭导弹实施拦截。对于不同的反弹道导弹系统，拦截交战可发生在来袭弹道导弹飞行过程中的助推段（即导弹起飞到发动机关机）、中段（导弹或分离后的弹头在大气层外飞行阶段）和再进入段（导弹或弹头重新进入大气层的飞行阶段），拦截交战可在大气层内低空、大气层内高空和大气层外进行。
按照作战武器对来袭导弹的杀伤机理划分，当前国外已经部署或正在发展的反弹道导弹系统有三种：一是利用拦截导弹弹头爆炸所产生的破片杀伤来袭导弹，美国的“爱国者-2”系统和俄罗斯的“S-300”系列及“
安泰-2500”系统属于此类；二是采用动能弹头，利用拦截导弹与目标直接碰撞摧毁来袭导弹或弹头，如美国的“爱国者-3”系统、“战区高空区域防御”系统等；三是采用
定向能武器和高能激光束照射并摧毁来袭导弹，美国在研的机载激光器系统是此类系统的代表。
美国是当前世界上最为积极发展并扩散反弹道导弹系统的国家之一，根据作战任务的不同，美国当前正在发展两种类型的反弹道导弹系统，即
战区导弹防御系统和国家导弹防御系统。战区导弹防御系统用于保护美国海外驻军及设施、友军和盟国免遭近程、中程和中远程弹道导弹的攻击。战区导弹防御系统可装在地面车辆上（陆基）、军舰上（海基）和飞机上（空基）。国家导弹防御系统是部署在美国本土的陆基弹道导弹防御系统，采用直接碰撞方式在大气层外拦截目标，用于保护美国50个州免遭有限数量的远程弹道导弹攻击，但是不能防御大规模的弹道导弹攻击和在美国本土海岸附近发射的近程弹道导弹攻击。