2002年，公安部成立反恐怖局，负责研究、
规划、指导、协调、推动全国反恐怖工作，地方也相应设立机构，国家反恐协调小组办公室也设立在公安部反恐局，承担协调小组的日常
工作。
2013年升级为国家反恐怖工作领导小组。国家反恐怖工作领导小组组长由国务委员、公安部长担任，下设领导小组办公室和反恐作战计划处等部门。协调小组侧重于协调相关的反恐职能部门来进行反恐工作，调整为领导小组之后，小组的‘领导统筹’职能增强，职责范围有所提升。”反恐怖工作领导小组由固定成员和非固定成员两个部分组成，“固定成员包括外交、公安、安全、武警、总参等专业的反恐职能和统筹部门，而像交通、民政、卫生等部门为不固定成员，起到辅助性作用，满足国家反恐工作的整体部署和需求。反恐办是反恐怖工作领导小组的办事机构。”