发酵技术国家工程研究中心是经国家科技部和国家计委批准，在国家相关领域重点建设的50个国家工程研究中心之一，是研究机构设在江苏高校中的为数不多的国家级工程研究中心之一，主任
薛培俭。
该中心由我国
生物工程领域龙头企业
安徽丰原集团有限公司、
发酵技术领域龙头高校，
教育部直属的国家
211工程重点建设高校之一的
江南大学、211工程和
985工程重点建设的百年名校
天津大学、我国自然科学领域的最高科研机构
中国科学院等离子物理研究所联合组建，总投资达6800万元。中心采用细胞工程、基因工程、离子束诱变等技术，创建和选育高产微生物菌株，并进行发酵过程优化控制及
生物反应器放大技术研究，为发酵行业提供成熟的成套工程化技术，同时进行
微生物发酵和
生物活性产品与工程的研究开发等，提升我国发酵工程的产业技术水平。
国家工程研究中心是国家科技发展计划的重要组成部分，以“创新、产业化”为指导，旨在探索科学与经济结合的新途径，加强科技成果向生产力转化的中间环节，促进科技产业化，同时，面向企业规模生产的需要，推动集成、配套的工程化成果向相关行业辐射、转移与扩散，促进新兴产业的崛起和传统产业的升级改造，促进科技体制改革，培养一流的工程技术人才，建设一流的工程化实验条件，形成我国科研开发、技术创新和产业化基地。