古DNA，是指从考古材料、古生物化石、生物遗体、遗迹及沉积物中获得取的古代生物DNA分子。

古DNA是指在古代生物遗骸中残存的DNA片段，通过古DNA，我们能够直接观察到古代个体的遗传成分和基因的混杂模式，并用于比较过去人群与现在人群之间在谱系关系上的独特信息，从而揭示人类演化过程中的细节。

古DNA主要来源于博物馆标本、特殊条件下(如琥珀、永久冻土等)保存的古生物组织及法医样品。 古DNA技术是遗传学、考古学等领域的重要研究手段。

2012年，在德国读博士的付巧妹得到了一个极为珍贵的研究样本。在罗马尼亚，发现了一块距今四万多年的现代人的下颚骨。她提出一种类似钓鱼的方案，和同事共同巧妙设计出一种特殊的实验方式，用现代人的DNA做了一个吸铁磁一样的引子，可以将相似度极高的古人类的DNA吸附出来，终于在大量实验尝试和反复验证中获得了这个个体极其微量的古DNA信息，一步步挖掘，一点点发现，带来有关人类演化的新认识。

从2010年起，付巧妹开始筹建中科院古脊椎所的古DNA实验室。

2016年，付巧妹回国后，她将研究的全部重心放在东亚人群多样性及遗传历史的研究。她组建的一支“中国制造”的古DNA研究团队，在《自然》、《科学》等杂志发表重要论文40余篇，其共同创新开发的实验技术在世界范围内极大推动了人类学、演化遗传学等相关领域的发展。