古虫界（excavate或Excavata）是单细胞真核生物的一个大的界。古虫界包含了许多自由生存或共生的原生生物，以及一些重要的
人体寄生虫。命名为“古虫”，是因为在真核生物的系统发生树处于底部位置，与细菌、古菌等外群关系较近，线粒体可能缺失或功能原始。
许多古虫界的物种缺乏典型的线粒体，被称作“无线粒体
原生生物”（amitochondriate），虽然大多数可能包含了功能上类似于线粒体、形态有很大变化的细胞器。其它的古虫界的生物有线粒体，
线粒体嵴呈管状、盘状、薄片状。大多数古虫界物种有两个、四个甚至更多的鞭毛，很多物种有显著的腹部摄食沟（feeding groove）超微结构，内部由微管支撑。如果有系统发生的基因证据，其它缺乏这一特征的物种也可以归属于古虫界。