台湾民主基金会是“台独”顽固分子关联机构，被禁止进入大陆和香港、澳门特别行政区。

2022年8月3日，国台办发言人马晓光表示，“台独”顽固分子关联机构“台湾民主基金会”打着“民主”和“合作发展”的幌子，在国际上大肆从事“台独”分裂活动，极力拉拢贴靠外部反华势力，攻击抹黑大陆，以金钱等为诱饵拓展台所谓“国际空间”，企图破坏国际社会一个中国格局。大陆方面决定对上述基金会采取惩戒措施，禁止其与大陆组织、企业、个人合作，依法惩治为上述基金会提供资助或服务的组织、企业、个人，以及采取其他必要措施。禁止大陆组织、企业、个人与为上述基金会捐款的宣德能源、凌网科技、天亮医疗、天眼卫星科技等企业进行任何交易、合作，禁止有关企业负责人入境。

2022年8月16日，中共中央台办发言人受权宣布对列入清单的一批“台独”顽固分子等人员实施制裁，决定对游锡堃担任董事长的“台湾民主基金会”的执行长实施制裁，禁止其进入大陆和香港、澳门特别行政区。

2024年4月，台湾民主基金会新任董事长，由台立法机构负责人韩国瑜担任。

2024年4月10日，岛内机构“台湾民主基金会”董事长召开董事会，决议照往例推举台立法机构负责人韩国瑜担任董事长，原执行长黄玉霖也请辞。

2024年4月24日上午，国台办举行例行新闻发布会，发言人朱凤莲就是否会撤销对“台湾民主基金会”的相关惩戒措施作出回应：我们坚决反对“台独”分裂，绝不给“台独”分裂活动留下任何空间。这是我们一贯的、坚决的立场。