目前，台湾省政府只是一个象征性的机构，办公地点位于南投县的中兴新村。

台湾在中国行政区划上曾隶属福建省，1885年清政府才设置台湾省。但10年后，清政府在甲午战争中战败，被迫签订《马关条约》，使日本强占了台湾省。1945年日本投降后，台湾终于回到祖国怀抱。

蒋介石政府接收台湾后，原本准备成立台湾省政府，但负责接管台湾的陈仪认为，台湾收复之初应政治与军事相辅治理，因此必须有一权力较大的临时机构作为过渡体制。1945年8月，蒋介石接受了这个建议，成立了台湾省行政长官公署，任命陈仪为台湾省行政长官兼台湾省警备总司令，负责从日本人手中接管台湾，并有权发布命令，集军政、立法大权于一身。1947年2月28日，台湾发生了震惊中外的“二·二八事件”。在一片指责声中，陈仪被迫提出辞职。

同年4月，蒋介石撤消台湾省行政长官公署，依照《省政府组织法》改制，任命魏道明为台湾省政府主席，同时决定各厅增设副厅长，尽可能起用台籍人士。5月，台湾省政府正式建立。

在台湾同胞强烈要求民主与地方自治的情况下，国民党当局进行了一些政治和经济改革，其中包括地方建制的改革。1990年6月，连战调任台湾省政府主席，1994年12月，省政府首脑一职由官派改为民选，当时最后一位官派台湾省主席宋楚瑜以472万票、60%的支持率当选台湾第一任民选省长。1996年底，以李登辉为首的国民党当权派，出于凸显台湾“独立主权地位”以及排挤党内异己等目的，联合民进党召开所谓“国发会”，达成“修宪冻省”共识。宋楚瑜对此心知肚明，并进行了全力反击。自1996年的最后一天开始，他就以“请辞待命”的形式，到香港等地“度假”，长时间不到省政府上班，并多次就所谓的“冻省”共识提出尖锐批评。但1997年7月，李登辉还是决定废除台湾省“自治地位”，台湾省省长的权力到1998年12月20日为止，此后仍改为官派省主席。

2018年6月28日，台当局“行政院”赖清德在“行政院会”宣布，2019年起将“省级”机关预算归零，员额与业务2018年7月1日起移拨至“国发会”等相关“部会”承接。正式宣告“台湾省政府”走入历史。