历经了300多年的沧桑，2001年温州叶同仁重开大药房，新开的叶同仁更是秉持“修合虽无人见、存心自有天知、真不二价、童叟无欺”的古训，在经营中不断的继承、积累、完善并壮大。2002年全市最大规模的、集中医专家特色门诊、贵细参茸、道地中药饮片、中西成药、保健品等-叶同仁药城旗舰店开业；2003年公司发展为叶同仁医药零售连锁有限公司；采用现代的
企业管理制度，2004年企业通过
GSP认证；2006年配送中心扩展到5000M2, 采用现代化的物流管理；为以后企业的发展奠定了坚实的基础，企业的发展离不开多元化经营，公司在2007年又开发了占地面积180亩的泽雅叶同仁中医药文化休闲园区。到2009年初公司拥有人民路药城旗舰店、黄龙店、下吕浦店、南国店、瞿溪店、龙港同心店 、滨江大药房、县前头店、汇源店、瑞安旗舰店等10家直营门店，公司总经营面积达4500多平方米，有员工300多名，其中中高级职称55人，大中专毕业生占员工总数的70%。2008年销售额一亿多元，为全国药品零售百强企业。
现代的叶同仁提出以“名品、名店、名医” 的竞争理念，重服务、重质量、重新辉煌叶同仁品牌，其独特的中医药文化、多元化经营、健康药学服务等，在全国零售药业界颇具开创性。老店新开后，海内外中央及省、市级新闻报道400多篇（次）。公司先后获得浙江省第六届、第七届价格计量信得过单位称号、鹿城区第四届消费者信得过单位、第2届中国中华老字号精品博览会公众喜爱的中华老字号品牌奖、温州市第九届知名商标、温州市示范放心药店、温州市服务行业领先品牌、温州市消费者喜爱的示范放心商场、浙江省著名商标、浙江老字号品牌企业等等。在全市近2000家药店中脱颖而出，有志打造温州医药零售行业的“航母”。
北京同仁堂创建于清康熙八年(1669年)，历经八代皇帝，造就了同仁堂在制药过程中、精益求精的严细精神，其产品以“配方独特、选料上乘、工艺精湛、疗效显著”而享誉海内外。1989年，
国家工商行政管理总局商标局认定“同仁堂”为中国驰名商标。
而据史料记载，温州叶同仁堂药栈于清康熙9年(公元1670年)创立，在浙南闽北一带颇有名气，曾入选“中华百年老药铺”行列。1956年，该药栈经公私合营改为温州国药联合制药厂，从此不再使用“叶同仁堂”名称。1965年改名为温州制药厂。2002年，
温州海鹤药业有限公司向国家工商总局商标局注册了“叶同仁”商标。但由于考虑到“堂”是对店的别称，故企业名称“叶同仁”后仍延用了“堂”字。
事实上，温州叶同仁与北京同仁堂多年前就有过一段彼此欣赏的合作。2002年北京同仁堂南洋药业公司就在温州人民东路“叶同仁堂”药城开设了参耸补品专柜，获得了良好的收益。2003年12月北京同仁堂撤出专柜，随后在2004年8月北京“同仁堂”以商标侵权为由将温州“叶同仁堂”告上法庭，巨额索赔5000万元。双方由此产生了一场震惊南北的侵权官司。
经调解，双方最终达成协议，温州“叶同仁堂”的招牌去掉“堂”字。2005年4月初，温州“叶同仁堂”已完成系列变更手续，6月27日，“叶同仁堂”药城的招牌也悄然换成“叶同仁”，在温州存在了300多年的“叶同仁堂”从此正式成为“叶同仁”。
135户债权人，法院审查确定债务总额逾12亿元，创办于清康熙九年的“叶同仁堂”，现为“
浙江老字号”、温州制药老品牌的“海鹤”药业及关联企业兴瓯医药有限公司司法重整案，于2012年8月17在温州中级人民法院召开了首次
债权人会议。
依据《
中华人民共和国企业破产法》，管理人开始对两家公司的人员、财产、债务等基本情况展开了详实的调查并一一登记在册。随后，一份拥有135户债权人的债权总表出炉，债权人申报债务总额超过20亿元，但法院审查确定债务总额逾12亿元。