吉尔吉斯斯坦于1991年独立。1992年
吉尔吉斯斯坦足球协会(Football Federation of the Kyrgyz Republic)成立,并于1994年加入
国际足联。
2009年与
高洪波带领的中国国家足球队进行过一场友谊赛,0-3负于中国队。
2015年11月17日,
2018年俄罗斯世界杯亚洲区预选赛40强赛B组第二轮,吉尔吉斯斯坦足球国家队主场1比0战胜约旦队。以11的积分位列澳大利亚和约旦之后,排名第三。最终,吉尔吉斯斯坦队在世预赛亚洲区40强赛B组比赛中,8战4胜2平2负积14分居小组第三无缘出线。
2019年
亚洲杯的预选赛,A组吉尔吉斯斯坦与印度携手晋级亚洲杯决赛圈。
2019年阿联酋亚洲杯抽签,吉尔吉斯斯坦与韩国、中国、菲律宾分在C组。2018年12月27日,吉尔吉斯斯坦足协公布了亚洲杯最终的23人名单,中场核心伯恩哈特领衔,旅德前锋
卢克斯入围。
2019年阿联酋亚洲杯首战,亚洲杯新军吉尔吉斯斯坦1-2被中国国家足球队逆转。第42分钟,
阿赫利丁·伊斯拉伊洛夫为吉尔吉斯斯坦打进亚洲杯历史首球。小组赛第二轮,吉尔吉斯0-1负于
韩国国家足球队。小组第三轮,凭借
维塔利·卢克斯的帽子戏法,吉尔吉斯斯坦3-1胜
菲律宾国家足球队。以4个成绩最好的第3名球队之一晋级16强。在亚洲杯1/8决赛,吉尔吉斯斯坦面对东道主阿联酋,两度落后情况下凭借
米尔兰·穆尔扎耶夫和
图尔苏纳利·鲁斯塔莫夫的进球将比赛带入加时,加时赛中吉尔吉斯斯坦队先是被
哈利勒打进点球,又在补时阶段射中横梁,最终2-3惜败阿联酋,止步16强。
2024年1月16日,亚洲杯小组赛第1轮,吉尔吉斯斯坦0-2负于泰国。1月22日,亚洲杯小组赛第2轮,吉尔吉斯斯坦以0-2不敌沙特阿拉伯。1月26日,亚洲杯小组赛第3轮,乔尔·科乔破门,最终吉尔吉斯斯坦以1-1战平阿曼。6月12日,世界杯亚洲区预选赛第二阶段第6轮,吉尔吉斯斯坦1-1战平阿曼,队史首次杀入世亚预第3阶段比赛。9月6日,世界杯亚洲区预选赛第三阶段(18强赛)第1轮,吉尔吉斯斯坦0-1不敌伊朗。10月15日,世界杯亚洲区预选赛第三阶段(18强赛)第4轮,吉尔吉斯斯坦主场1-0战胜朝鲜,取得国家队史在世亚预第三阶段的首场胜利。11月15日,世预赛亚洲区第三阶段第5轮,吉尔吉斯斯坦0-3阿联酋。11月20日,世预赛亚洲区第三阶段(18强赛)第6轮,吉尔吉斯斯坦2-3不敌伊朗。