吉林大学东北亚研究中心是吉林大学下属研究中心。吉林大学在东北亚研究方面具有较长的历史。在1964年，成立了日本问题研究室、朝鲜问题研究室，并于80年代先后成立了日本研究所、人口研究所、苏联研究所和朝鲜韩国研究所。

l994年，为了适应改革开放和东北亚区域经济合作发展的需要，日本研究所、人口研究所、俄罗斯研究所、朝鲜韩国研究所、图们江国际开发研究所、区域经济研究所合并成立了东北亚研究院，实行行政、科研、教学的统一管理，实现了对东北亚地区政治、经济、历史、文化的多学科、交叉性综合研究。

普通高等学校人文社会科学重点研究基地之一。2001年9月，东北亚研究中心借新吉林大学五校合并、学科调整的有利时机，把原来的国别研究室重新整合组建了4个专业研究室，即东北亚经济 研究室、东北亚政治研究室、东北亚历史与文化研究室和东北亚人口、资源与环境研究室。在专业研究室下设国别问题研究室，即在保持国别研究优势的同时，加强综合研究能力，为完成重大课题提供体制保障。2001年9月，东北亚研究中心与吉林省图们江开发办公室、延边州开发办、珲春市政府联合建立图们江国际开发研究室。该研究室接受国家和地方政府有关图们江地区开发的委托研究项目。2004年8月东北亚研究中心主任（副校长）王胜今教授被聘为“中国与周边国家区域合作”咨询专家组秘书长，使中心能够直接为国家 有关部门制定图们江地区开发战略服务。

2003年5月，为适应学科建设的需要，从经济研究室和人口、资源与环境研究室，抽调部分研究力量，组建了区域经济研究室，并将原经济研究室更名为世界经济研究室。经改革、调整和整合，东北亚研究中心现下设6个研究室，即世界经济研究室、区域经济研究室、人口、资源与环境研究室、国际政治研究室、历史与文化研究室、图们江国际开发研究室。经过5年多的建设，东北亚研究中心科研整体实力得到明显提高。