基础医学院坐落于吉林省长春市文化教育社区——朝阳区内，东邻同志街，西与
吉林大学第一医院一街之隔，北邻美丽的文化广场，南与
南湖公园相距不过千米。基础医学院始建于1951年5月，原为白求恩医科大学基础医学部，1992年改“部”为“院”，是吉林大学集基础医学教育与科研于一体的重要教学基地。
历经五十多年的风风雨雨吹打，基础医学院在实践中不断发展壮大。学院设有人体解剖学、组织与胚胎学、
生理学、生物化学、病原生物学、免疫学、病理学、病理生理学、法医学、药理学、遗传学和分子生物学等18个教研室。教育部病理生物学实验室，
前列腺疾病研究中心，吉林省
法医鉴定中心，卫生部川医学奖学金日语培训中心，
电子显微镜实验中心等部、省、校直属研究机构设在基础医学院。全院现有教职工252人，其中教授35人(博士研究生导师24人)，副教授46人，讲师44人，助教29人，实验技术人员75人。全院拥有3个
博士后流动站，7个博士学位授予点，8个硕士学位授予点。七年制学生466人，硕士研究生124人，博士研究生102人，建院以来，已为社会输送大批高层次基础医学教育师资人员，毕业的硕士生、博士生活跃在国内外基础医学教育与研究的第一线，绝大多数都成为学术带头人或学术骨干。近年来，依托学校良好的吸引人才政策，学院已吸引了大批出国留学人员，回国、回院任教，进一步提高了基础医学教学师资水平。
建院五十多年来，学院以教学、科研为优势，逐渐形成了以基因工程、免疫生物工程、中药开发、药理、
边缘系统神经生理、遗传毒理、肿瘤病理、心血管生理病理、生殖病理和病毒学等为主的研究方向。取得了大量成果。发表文章1100篇，获省级以上科研成果奖8项，学院先后被部、省、校评为先进单位。
基础医学院以合校为契机，通过“211工程”及“十五”期间的重点建设，已建成为具有国内领先和国际先进水平的实验空间及实验装备，提高了学院自身培养高层次人才和承担重大科研项目的能力，正承担着国家教育部、吉林省及企业资助的一批重点课题。在此基础上，学院还以其具有高层次、高水平师资队伍的优势，成为
临床医学七年制本、硕连读学生的入口单位，承担临床医学七年制学生的招生、管理及思想教育工作。同时，学院还承担吉林大学临床医学(七年制、五年制)、
放射医学、预防医学、
信息管理与信息系统（
医学信息管理）、医事法学、口腔医学、药学、
护理学等各专业学生及多轨道成人教育学生的医学基础课程的教学任务。
进入新世纪，基础医学被国家教育部批准为一级学科。学院全体教职工将继续发扬白求恩精神，与时俱进，以坚定的信念和决心，为实现学院的跨越式发展，戮力同心，拼搏进取，开创更加美好的未来。