吉林大学理论物理学科是由我国著名理论物理学家、中科院院士吴式枢教授亲手创建的。理论物理学科是国家首批批准的博士点与硕士点，是直属院校省重点学科。一九九一年将原理论物理教研室一分为二,分为理论物理中心(主要从事基础理论研究)和理论物理教研室(主要从事基础理论应用研究)，学校任命吴式枢院士为第一任理论物理中心主任. 二00一年从理论物理教研室中分出声学系,该教研室的其余部分与原理论物理中心合并,成为现在的理论物理中心.
理论物理中心是一个开放的研究中心。国内外许多著名学者曾到我中心进行工作访问和学术交流。其中有些被聘为吉林大学的兼职和名誉教授。如德国Tuebingen大学理论物理研究所所长A. Faessler教授，德国Johann Wolfgang Goethe大学理论物理研究所所长W. Greiner教授（曾获诺贝尔奖提名）及
美国纽约州立大学石溪分校的终身教授郭子斯先生都是我校的名誉教授。