中心目前拥有按国际标准建立的1000余平方米的实验室、独立完整的内部计算机网络数据系统和与吉林大学图书馆相连的文献检索系统。配备了高通量自动化LC-MS（Agilent1100制备和半制备型）；
蒸发光散射检测器（Alltech ELSD 2000）；高通量真空离心浓缩仪（Thermo Savant Discovery 230）；液相色谱（Shimadzu SPD 10-Avp）等仪器设备。
中心开设了组合化学、有机合成化学、天然产物化学、药物化学、
化学生物学等多个研究方向。已经建立了集高通量分离、纯化、鉴定于一体的组合化学液相合成平台。在新颖
杂环化合物设计与合成、模仿创新药物的研究发明、以及组合化学技术在天然产物的研究等领域开展工作。特别在具有药物特权结构特点的新颖嘧啶并多环化合物的设计与合成领域取得了一定成果，逐渐建立了自己的研究体系，正在此基础上展开药物化学和化学生物学等领域的基础研究工作。
吉林大学组合化学研究中心以塑人为根本核心，强调基础研究与实际应用相结合，以团队精神、创新意识为根本宗旨，致力于打破学科界限，促进学科交叉与融合，为我国培养一批以组合化学和药物化学为基础的视野宽广、理论扎实、实践能力强的复合型高级新药研发人才。我们的宗旨是“竞争、协作、发展”，如今已经发展成为创新人才的培养基地。